TLa pandémie de maladie à coronavirus de 2019 (COVID-19) a commencé plus tôt qu'on ne le pensait à New York et à Long Island par des dizaines de personnes infectées principalement par des souches d'Europe. Une nouvelle analyse montre également que la majeure partie de la propagation était au sein de la communauté, par opposition à des personnes qui avaient voyagé.
Des tests antérieurs avaient détecté le premier cas du virus le 3 mars avant que les infections n'explosent dans toute la région métropolitaine, conduisant à 260 600 cas positifs à la mi-mai.
Dirigée par des chercheurs de la NYU Grossman School of Medicine, la nouvelle étude a utilisé des tests génétiques pour retracer les origines du coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SARS-CoV-2), le virus pandémique, dans toute la région de New York au printemps. Il a montré que le virus a pris racine pour la première fois à la fin de février, semé par au moins 109 sources différentes qui ont éclaté en chaînes d'infection, plutôt que par un seul «patient zéro».
Notamment, disent les auteurs de l'étude, plus de 40% des personnes testées positives n'avaient aucun contact connu avec une autre personne infectée avant de contracter le virus.
«Nos résultats montrent que les premières méthodes de test de dépistage de New York ont raté le début et les racines de l'épidémie de plusieurs jours au minimum», déclare le co-auteur principal de l'étude Matthew T. Maurano, PhD, professeur adjoint au Département de pathologie de NYU. Santé Langone. «Le travail suggère fortement que pour étouffer les futures épidémies dans l'œuf, nous avons besoin d'un système de surveillance génétique rapide et abondante en temps réel ainsi que d'indicateurs épidémiologiques traditionnels.
Les enquêteurs ont également constaté que plus de 95% des New-Yorkais atteints de COVID-19 avaient une souche du virus avec une mutation qui pourrait faciliter la transmission à d'autres. Cette découverte, dit le Dr Maurano, aide à expliquer pourquoi le virus s'est propagé de manière si agressive à New York, même en tenant compte de la forte densité de population de la ville.
Dans le séquençage de gènes, les chercheurs comparent de petits fragments de code génétique pour identifier les mutations qui ne se trouvent que dans une souche particulière du virus. Ces «drapeaux», dit le Dr Maurano, peuvent ensuite être utilisés pour suivre la propagation de la souche dans le temps, de la même manière que les tests utilisés pour retracer l'ascendance chez les personnes. Les experts ont déjà utilisé cette technique pour suivre les épidémies de grippe, de Staphylococcus aureus résistant à la méthicilline (SARM) et d'Ebola, entre autres infections.
La nouvelle étude, publiée en ligne le 22 octobre dans la revue Genome Research, est le plus grand effort à ce jour pour retracer la pandémie de COVID-19 à l'aide du séquençage génétique, selon le Dr Maurano.
Pour l'étude, les chercheurs ont collecté des informations génétiques virales sur 864 écouvillons nasaux prélevés sur des New-Yorkais qui avaient été testés positifs pour le COVID-19 entre le 12 mars et le 10 mai. La plupart des personnes étaient de Manhattan, Brooklyn et le comté de Nassau sur Long Island. Ensuite, les enquêteurs ont comparé les séquences génétiques du virus de ces échantillons à celles observées dans la souche originale isolée l'hiver dernier chez des patients de Wuhan, en Chine, où la pandémie aurait commencé.
L'étude a révélé que les codes génétiques du virus à New York correspondaient plus étroitement à ceux des souches d'Europe ou d'autres États américains qu'à ceux de Chine, pays d'origine du virus. En outre, certaines des premières chaînes d'infection d'une personne à l'autre duraient au moins 50 personnes.
«Nos techniques de séquençage génique nous ont permis d'évaluer la précision de nos tests de dépistage», déclare Adriana Heguy, PhD, auteur principal de l'étude, professeur au Département de pathologie de NYU Langone. "Sur la base de ces résultats, il est clair que nous avons besoin d'un système de tests abondants qui fournissent des résultats rapides."
Elle note que les séquences analysées dans l'étude ne représentaient que 10% des patients COVID-19 dans un seul système hospitalier à New York. L'ampleur réelle de l'infection communautaire était donc probablement beaucoup plus élevée, et l'introduction initiale du virus à New York était peut-être plus précoce.
Le Dr Heguy dit que l'équipe prévoit ensuite d'étudier si les mutations découvertes par les tests génétiques pourraient affecter le coronavirus par d'autres moyens, comme provoquer des symptômes nouveaux ou plus graves du COVID-19.
Le financement de l'étude a été fourni par les subventions des National Institutes of Health R35 GM119703, P50 CA016087, P30 CA016087 et UM1 AI148574. Un soutien supplémentaire a été fourni par la subvention MR / R015600 / 1 du MRC Center for Global Infectious Disease Analysis.
Outre le Dr Maurano et le Dr Heguy, d'autres chercheurs du NYU Langone impliqués dans l'étude sont Sitharam Ramaswami, PhD; Paul Zappile; Dacia Dimartino, PhD; Ludovic Boytard, PhD; André Ribeiro-dos-Santos, PhD; Nicholas Vulpescu; Gael Westby; Guomiao Shen; Xiaojun Feng, PhD; Megan Hogan, PhD; Christian Marier; Peter Meyn; Yutong Zhang; John Cadley; Raquel Ordoñez, PhD; Raven Luther; Emily Huang; Emily Guzman; Carolina Arguelles-Grande; Kimon Argyropoulos, MD; Margaret Black, MD; Antonio Serrano, MD; Melissa Call; Min Jae Kim; Brendan Belovarac, MD; Tatyana Gindin, MD; Andrew Lytle, MD, PhD; Jared Pinnell; Theodore Vougiouklakis, MD; John Chen, PhD; Lawrence Lin, MD, PhD; Amy V. Rapkiewicz, MD; Vanessa N. Raabe, MD; Marie I. Samanovic, PhD; George Jour, MD; Iman Osman, MD; Maria Aguero-Rosenfeld, MD; Mark J. Mulligan, MD; et Paolo Cotzia, MD. Matija Snuderl, MD, était un co-auteur principal de l'étude. Un autre soutien à la recherche a été fourni par Manon Ragonnet-Cronin, PhD; Lily Geidelberg; et Erik Volz, PhD, à l'Imperial College de Londres.
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