SAN DIEGO (KGTV) - L'annonce d'un financement fédéral de 1,75 milliard de dollars a rapidement élargi les efforts pour séquencer les informations génétiques à partir d'échantillons viraux COVID-19 à la recherche de variantes gênantes, mais les scientifiques disent que plus de travail doit être fait pour remédier à une limitation clé dans le système d'alerte précoce du pays.
Dans tout le pays, les laboratoires séquencent actuellement environ 35 000 échantillons viraux chaque semaine, soit environ 10% de tous les cas confirmés, selon Mary Lee Watts de l'American Society for Microbiology.
C'est une augmentation par rapport à seulement 0,3% début février, lorsque les laboratoires américains séquençaient environ 8 000 génomes par semaine.

C’est un signe encourageant de progrès, mais les chercheurs affirment que les travaux de modernisation de l’infrastructure de surveillance génomique du pays ne font que commencer. La majeure partie des 1,75 milliard de dollars alloués dans le plan de sauvetage américain a commencé à être déployée ce mois-ci, et l'argent sera distribué au cours des prochaines années.
«C'est un investissement extrêmement important qui a la capacité de transformer la façon dont nous apportons cette technologie génomique aux premières lignes de la santé publique», a-t-elle déclaré.

Le défaut des efforts américains pour suivre les variantes de coronavirus

Ici, dans le comté de San Diego, les responsables de la santé ont détecté plus de 280 personnes infectées par des variantes au cours du mois dernier grâce à une collaboration avec le Scripps Research Institute et l'UC San Diego.
Les données qu'ils collectent peuvent révéler quelles mutations sont de plus en plus fréquentes et où certaines variantes se propagent. Mais les chiffres ne répondent pas à certaines questions importantes.

«Une certaine variante entraîne-t-elle une différence dans le type d'infection? L'infection est-elle plus longue ou plus courte? Y a-t-il plus de mortalité ou une mortalité plus faible? Cela entraîne-t-il plus ou moins d'admissions aux soins intensifs? » a déclaré Karthik Gangavarapu, chercheur à Scripps.
Gangavarapu peut voir le code génétique de chaque échantillon, mais il ne peut pas voir à quel point ces patients sont tombés malades. Ces deux éléments d’information ne sont pas liés, et les scientifiques affirment que c’est un gros défaut du système de surveillance génomique de notre pays.

Le fait d’avoir le dossier de santé électronique complet lié à la séquence virale serait «extrêmement puissant», a déclaré le Dr Gary Firestein, vice-chancelier adjoint pour les sciences de la santé de l’UC San Diego.
La combinaison aiderait à «déterminer les variantes dont nous devrions nous préoccuper, lesquelles devraient être celles que nous allons fabriquer pour la prochaine génération de vaccins, et ainsi de suite», a-t-il déclaré.
Il existe des problèmes compliqués, mais pas insurmontables, qui font obstacle aux lois sur la protection de la vie privée et à la portabilité des données, a déclaré Firestein.

Par exemple, comment convertir les notes écrites d’un médecin sur une radiographie ou un rapport de pathologie en données utilisables? Quels sont exactement les résultats en matière de santé qui comptent?
«Il n'y a vraiment pas de méthode normalisée, pas seulement aux États-Unis mais partout ailleurs, pour vraiment être en mesure de transférer ce type d'informations de manière cohérente», a-t-il déclaré.
Les 1,7 milliard de dollars pour la surveillance génomique dans le plan de sauvetage américain seront divisés en trois seaux. Un milliard ira aux Centers for Disease Control and Prevention et aux États pour renforcer leurs efforts de surveillance existants.

Un autre 400 millions de dollars sera utilisé pour établir six centres d'excellence en épidémiologie génomique. Ces centres fonctionneront comme des partenariats entre les services de santé de l'État et les institutions universitaires, selon la Maison Blanche, pour «alimenter la recherche de pointe en épidémiologie génomique».
Les 300 millions de dollars finaux seront utilisés pour construire une infrastructure nationale de bioinformatique.

«Cet investissement soutiendra la bioinformatique dans tout le système de santé publique américain, créant un système unifié de partage et d'analyse des données de séquence d'une manière qui protège la vie privée mais permet une prise de décision plus éclairée», a déclaré la Maison Blanche dans un communiqué.
Le financement de la surveillance génomique dans l'American Rescue Plan a été initialement proposé dans une loi coparrainée par le représentant Scott Peters (D-San Diego).
Il a déclaré que cet argent améliorerait de nombreux aspects du système d'alerte précoce des États-Unis contre les menaces virales, mais il a reconnu que cela ne résoudrait pas complètement le problème du partage de données.

"Je frappe ce tambour depuis l'année dernière avant qu'il y ait une administration Biden", a-t-il déclaré. «Le problème est que nous avons trop de silos de données qui ne se parlent pas. Dans le seul gouvernement fédéral, il y avait 13 agences différentes qui touchent vos données de santé COVID.

C'est un patchwork et cela n'a aucun sens.
Le représentant Peters a proposé un projet de loi distinct pour aider à relier les dossiers de santé avec d'autres informations, y compris les données de séquence, pour aider à garder une longueur d'avance sur ce virus et sur ceux à venir.