Quinze mois après la fermeture du nouveau coronavirus dans une grande partie du monde, la pandémie fait toujours rage. Peu d'experts ont deviné qu'à ce stade, le monde n'aurait pas un vaccin mais plusieurs, avec 3 milliards de doses déjà délivrées. Dans le même temps, le coronavirus a évolué vers des variantes super-transmissibles qui se propagent plus facilement. Le choc entre ces variables définira les mois et les saisons à venir. Voici donc trois principes simples pour comprendre comment ils interagissent. Chacun a des mises en garde et des nuances, mais ensemble, ils peuvent servir de guide pour notre avenir à court terme.
1. Les vaccins battent toujours les variantes.Les vaccins ont toujours dû faire face à des variantes : la variante Alpha (également connue sous le nom de B.1.1.7) se répandait déjà dans le monde lorsque les premières campagnes de vaccination COVID-19 ont commencé. Et lors de tests en conditions réelles, ils ont toujours tenu leurs promesses extraordinaires. Les vaccins de Pfizer-BioNTech et Moderna réduisent le risque d'infections symptomatiques de plus de 90 pour cent, tout comme celui encore non autorisé de Novavax. Mieux encore, les vaccins disponibles réduisent d'au moins la moitié et probablement plus les chances que les personnes infectées propagent le virus. Dans les rares cas où le virus se propage, les infections sont généralement plus bénignes, plus courtes et plus faibles en charge virale. Au 21 juin, le CDC n'avait signalé que 3 907 hospitalisations parmi les personnes entièrement vaccinées et seulement 750 décès.
La variante Delta (également connue sous le nom de B.1.617.2) pourrait-elle changer cette image ? Les données du Royaume-Uni suggèrent qu'il se propage de 35 à 60% mieux qu'Alpha, qui était déjà 43 à 90% plus transmissible que le virus d'origine. (Cela peut aussi être plus mortel, mais ce n'est toujours pas clair.) Il cause désormais 26% des nouvelles infections aux États-Unis et en causera bientôt la plupart.
Mais même contre Delta, la vaccination complète - avec un accent particulier sur le plein - est efficace. Selon une étude britannique, deux doses du vaccin de Pfizer sont toujours efficaces à 88 % pour prévenir les infections Delta symptomatiques, et à 96 % pour prévenir les hospitalisations. (Une dose unique, cependant, n'est efficace qu'à 33 pour cent pour arrêter l'infection symptomatique.) Israël, un pays hautement vacciné, connaît une petite augmentation du delta, mais jusqu'à présent, aucun des nouveaux cas n'a été grave. Et bien qu'environ 30 pour cent de ces nouveaux cas concernent des personnes entièrement vaccinées, cette statistique reflète, en partie, le succès du pays en matière de vaccination. Parce qu'Israël a complètement vacciné environ 85% des adultes, vous vous attendez à ce que de nombreuses nouvelles infections se produisent dans ce très grand groupe. "Il semble que les vaccins résistent aux variantes", m'a dit Emma Hodcroft, épidémiologiste à l'Université de Berne. « C’est quelque chose dont nous pouvons nous rassurer. »
Mais le coronavirus peut causer de graves problèmes sans déclencher d'infections graves. Parce que les gens peuvent développer une longue COVID sans se retrouver à l'hôpital, Delta pourrait-il encore provoquer des symptômes à long terme même si les vaccins atténuent sa piqûre ? Les rapports anecdotiques de long-courriers dont les symptômes se sont atténués après la vaccination pourraient suggérer le contraire, mais "nous n'en savons pas assez pour le dire", m'a dit Bill Hanage, épidémiologiste à Harvard.
Une autre question cruciale que "nous devons vraiment comprendre est la nature de la transmission à partir de cas révolutionnaires", a déclaré Hanage. Fait inquiétant, une étude récente a documenté plusieurs cas au cours de la poussée printanière de l'Inde dans lesquels des agents de santé entièrement vaccinés avec le vaccin d'AstraZeneca ont été infectés par Delta et l'ont transmis.
Si d'autres vaccins présentent des vulnérabilités similaires, les personnes vaccinées pourraient devoir continuer à porter des masques à l'intérieur pour éviter de lancer le virus dans les communautés non vaccinées, en particulier pendant les périodes de forte transmission communautaire. "C'est malheureusement dans cette direction que nous nous dirigeons", déclare Ravindra Gupta, microbiologiste clinique à l'Université de Cambridge, qui a dirigé l'étude. Israël a réimposé un mandat de masque, tandis que le comté de Los Angeles et l'Organisation mondiale de la santé ont conseillé aux personnes vaccinées de porter des masques à l'intérieur. Et de telles mesures ont du sens parce que..
2. Les variantes frappent les personnes non vaccinées.Les personnes vaccinées sont plus en sécurité que jamais malgré les variantes. Mais les personnes non vaccinées sont plus en danger que jamais à cause des variantes. Même s'ils obtiendront une certaine protection contre l'immunité des autres, ils ont également tendance à se regrouper socialement et géographiquement, semant des épidémies même au sein de communautés hautement vaccinées.
Le Royaume-Uni, où la moitié de la population est entièrement vaccinée, "peut être un récit édifiant", m'a dit Hanage. Depuis l'ascendant de Delta, le nombre de cas dans le pays a sextuplé. Des cas de longue durée de COVID suivront probablement. Les hospitalisations ont presque doublé. Ce n'est pas un signe que les vaccins échouent. C'est un signe que même les pays fortement vaccinés abritent de nombreuses personnes vulnérables.
La présence de Delta ne signifie pas que les personnes non vaccinées sont condamnées. Quand Alpha a fini par dominer l'Europe continentale, de nombreux pays ont décidé de ne pas assouplir leurs restrictions, et la variante n'a pas déclenché une énorme augmentation des cas. "Nous avons une agence", a déclaré Hodcroft. « Les variantes nous compliquent la vie, mais elles ne dictent pas tout. »
Aux États-Unis, la plupart des États ont déjà complètement rouvert. Delta se propage plus rapidement dans les comtés à faible taux de vaccination, dont la vulnérabilité immunologique reflète la vulnérabilité sociale. Les Américains noirs et hispaniques sont parmi les groupes les plus susceptibles de mourir du COVID-19 mais les moins susceptibles d'être vaccinés. Les personnes immunodéprimées peuvent ne pas bénéficier des injections. Les enfants de moins de 12 ans ne sont toujours pas éligibles. Et contrairement à de nombreux autres pays riches, le rythme des vaccinations en Amérique stagne en raison du manque d'accès, de l'incertitude et de la méfiance. À ce jour, 15 États, dont la plupart sont dans le Sud, n'ont pas encore complètement vacciné la moitié de leurs adultes. "Regardez le Sud en été", a déclaré Hanage. "Cela nous donnera une idée de ce que nous sommes susceptibles de voir en automne et en hiver."
À l'échelle mondiale, les inégalités en matière de vaccins sont encore plus flagrantes. Sur les 3 milliards de doses de vaccin administrées dans le monde, environ 70 pour cent sont allées à seulement six pays ; Delta a déjà été détecté dans au moins 85. Alors que l'Amérique s'inquiète du sort des États où environ 40 pour cent des personnes sont complètement vaccinées, à peine 10 pour cent de la population mondiale a atteint ce statut, dont seulement 1 pour cent de l'Afrique. Le coronavirus traverse maintenant l'Afrique australe, l'Amérique du Sud et l'Asie centrale et du Sud-Est. L'année n'est que de moitié terminée, mais plus de personnes ont déjà été infectées et tuées par le coronavirus en 2021 qu'en 2020. Et de nouvelles variantes font encore leur apparition. Le lambda, le dernier à être reconnu par l'OMS, est dominant au Pérou et se répand rapidement en Amérique du Sud.
De nombreux pays qui ont excellé dans la protection de leurs citoyens sont désormais confrontés à une triple menace : ils ont si bien contrôlé le COVID-19 qu'ils ont peu d'immunité naturelle ; ils n'ont pas accès aux vaccins ; et ils sont assiégés par Delta. Au début de cette année, le Vietnam n'avait enregistré que 1 500 cas de COVID-19, soit moins que de nombreuses prisons américaines individuelles. Mais il est maintenant confronté à une énorme augmentation induite par Delta alors que seulement 0,19% de sa population a été complètement vacciné. Si même le Vietnam, qui a si fermement tenu la ligne contre COVID-19, cède maintenant sous le poids de Delta, "c'est un signe que le monde n'a peut-être pas beaucoup de temps", m'a dit Dylan Morris, biologiste évolutionniste à l'UCLA..
Avec Delta et d'autres variantes se propageant si rapidement, "ma grande crainte est que dans peu de temps, tout le monde dans le monde aura été vacciné ou infecté", a déclaré Morris. Il ne voulait pas préciser de calendrier, mais "je ne veux pas parier que nous avons plus d'un an", a-t-il déclaré. Et les nations plus riches auraient tort de penser que les variantes les épargneront, car.
3. Plus le principe n°2 se poursuit longtemps, moins il est probable que le n°1 tiendra.Chaque fois qu'un virus infecte un nouvel hôte, il fait des copies de lui-même, avec de petites différences génétiques (mutations) qui distinguent les nouveaux virus de leurs parents. À mesure qu'une épidémie s'élargit, la gamme des mutations et des virus porteurs de mutations avantageuses leur permettent, par exemple, de se propager plus facilement ou de passer outre le système immunitaire pour surpasser leurs prédécesseurs standard. C'est ainsi que nous avons obtenu des variantes super transmissibles comme Alpha et Delta. Et c'est ainsi que nous pourrions éventuellement être confrontés à des variantes qui peuvent vraiment infecter même les personnes vaccinées.
Aucun des scientifiques avec qui j'ai parlé ne sait quand cela pourrait se produire, mais ils conviennent que les chances diminuent à mesure que la pandémie s'allonge. "Nous devons supposer que cela va arriver", m'a dit Gupta. "Plus les infections sont autorisées, plus l'évasion immunitaire est probable."
Si cela se produit, quand le saurons-nous ? Il s'agit de la première pandémie de l'histoire au cours de laquelle les scientifiques séquencent les gènes d'un nouveau virus et suivent son évolution en temps réel - c'est pourquoi nous connaissons les variantes. La surveillance génomique peut indiquer quelles mutations apparaissent, et les expériences de laboratoire peuvent montrer comment ces mutations modifient le virus - c'est ainsi que nous savons quelles variantes sont préoccupantes. Mais même avec un tel travail "se déroulant à une vitesse incroyable", m'a dit Hodcroft, "nous ne pouvons pas tester toutes les variantes que nous voyons".
De nombreux pays manquent d'installations de séquençage, et ceux qui en disposent peuvent être facilement submergés. « Encore et encore, nous avons vu des variantes apparaître dans des endroits soumis à une pression extraordinaire, car ces variantes provoquent de fortes poussées », a déclaré Hanage. Delta s'est frayé un chemin à travers l'Inde, "mais nous ne l'avons compris que lorsqu'il a commencé à provoquer des infections au Royaume-Uni - un pays qui avait beaucoup de scientifiques avec des séquenceurs et moins à faire." Ainsi, le premier signe d'une variante contre le vaccin sera probablement une augmentation de la maladie. « Si les personnes vaccinées commencent à tomber malades et entrent dans les hôpitaux avec des symptômes, nous aurons une assez bonne image de ce qui se passe », m'a dit Maia Majumder, épidémiologiste à la Harvard Medical School et au Boston Children's Hospital.
Il est peu probable que nous soyons aussi vulnérables qu'au début de la pandémie. Les vaccins induisent une variété d'anticorps protecteurs et de cellules immunitaires, il est donc difficile pour un virus variant de les échapper à tous. Ces défenses varient également d'une personne à l'autre, donc même si un virus échappe à l'ensemble d'une personne, il peut être bloqué lorsqu'il saute dans un nouvel hôte. "Je ne pense pas qu'il y aura soudainement une variante qui apparaîtra et échappera à tout, et soudainement nos vaccins seront inutiles", m'a dit Gupta. « Ce sera progressif : à chaque changement progressif du virus, une partie de la protection est perdue chez les individus. Et les gens sur les bords – les vulnérables qui n'ont pas mis en place une réponse complète – finiront par en supporter le coût. »
Si cela se produit, les personnes vaccinées pourraient avoir besoin de rappels. Cela devrait être possible : les vaccins à ARNm produits par Moderna et Pfizer devraient être particulièrement faciles à réviser contre l'évolution des virus. Mais "si nous avons besoin de rappels, je crains que les pays capables de produire des vaccins le fassent pour leur propre population, et la division dans le monde deviendra encore plus grande", Maria van Kerkhove, épidémiologiste des maladies infectieuses à l'OMS, m'a dit.
La discussion sur les variantes vaccinantes fait écho aux premiers débats sur la question de savoir si le SRAS-CoV-2 deviendrait pandémique. « En tant que société, nous ne pensons pas très bien aux événements à faible probabilité qui ont des conséquences de grande envergure », m'a dit Majumder. « Nous devons nous préparer à un avenir où nous procéderons à nouveau au déploiement des vaccins, et nous devons trouver comment le faire mieux. » En attendant, même les pays hautement vaccinés devraient continuer à investir dans d'autres mesures qui peuvent contrôler le COVID-19 mais qui ont été insuffisamment utilisées – une ventilation améliorée, des tests rapides généralisés, une recherche des contacts plus intelligente, de meilleurs masques, des endroits dans lesquels les personnes malades peuvent s'isoler et des politiques comme un congé de maladie payé. De telles mesures réduiront également la propagation du virus parmi les communautés non vaccinées, créant moins d'opportunités pour une variante d'évasion immunitaire. "Je me trouve le record battu qui met toujours l'accent sur tous les autres outils dont nous disposons", a déclaré van Kerkhove. « Ce ne sont pas que des vaccins. Nous n'utilisons pas ce que nous avons sous la main.
La décision de l'OMS de nommer les variantes d'après l'alphabet grec signifie qu'à un moment donné, nous aurons probablement affaire à une variante Omega. Nos décisions détermineront maintenant si ce nom sinistre est accompagné de propriétés tout aussi sinistres, ou si Omega ne sera qu'une scène banale lors de l'acte de clôture de la pandémie.
