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Le Brésil a signalé ses premiers cas d'infection fongique potentiellement mortelle appelée Candida auris (C. auris) qui devient de plus en plus résistante aux médicaments antifongiques.
Le pays était en état d'alerte élevé pour l'infection émergente depuis 2016, lorsque la première épidémie dans les Amériques a été signalée au Venezuela.
Des épidémies ont rapidement suivi en Colombie, au Panama, au Chili et aux États-Unis, mais il n'y a eu aucun cas au Brésil avant décembre 2020, peu de temps après le début d'une deuxième vague de COVID-19 dans le pays.
Des chercheurs dirigés par Arnaldo Colombo, M.D. Ph.D. chef du Laboratoire spécial de mycologie de l'Université fédérale de São Paulo, ont analysé les échantillons des deux premiers cas. Les deux se sont produits dans l'unité de soins intensifs COVID-19 d'un hôpital de Salvador, dans le nord-est du Brésil.
L'hôpital a signalé neuf autres cas d'infection ou de colonisation asymptomatique par le champignon.
En mars 2021, le Dr Colombo et ses collègues ont rapporté dans le Journal of Fungi que le champignon restait très sensible aux médicaments antifongiques.
Cependant, depuis lors, ils ont détecté une forte augmentation de la résistance de C. auris au fluconazole et à une classe de médicaments antifongiques appelés échinocandines dans des échantillons provenant de l'hôpital.
« Dans le cas de C. auris présent dans des échantillons récemment isolés à Salvador, par exemple, la dose doit être quatre à cinq fois supérieure à la dose utilisée pour inactiver l'isolat cultivé en décembre 2020 », explique le Dr Colombo.
Aucun autre cas n'a été signalé au Brésil, mais le Dr Colombo pense qu'il y a lieu de s'inquiéter.
« L'espèce devient rapidement résistante à plusieurs médicaments et n'est pas très sensible aux désinfectants utilisés par les hôpitaux et les cliniques », dit-il.
« En conséquence, il est capable de persister dans les hôpitaux, où il colonise les agents de santé et finit par infecter les patients atteints de COVID-19 sévère et d’autres patients critiques de long séjour. »
Le CDC rapporte que C. auris peut provoquer des infections de la circulation sanguine, des plaies et de l'oreille.
Il estime que 30 à 60 % des personnes atteintes d'infections à C. auris meurent, bien que beaucoup de ces patients souffraient également d'autres maladies potentiellement mortelles.
L'article du Dr Colombo a déclaré que la surinfection par C. auris chez les patients gravement malades atteints de COVID-19 est estimée à un taux de mortalité à 30 jours supérieur à 50 %.
Le CDC affirme que, dans le passé, les infections à C. auris étaient principalement observées dans les établissements de soins de longue durée pour les personnes atteintes de maladies graves.
Cependant, depuis le début de la pandémie, des épidémies se sont produites dans les unités COVID-19 des hôpitaux.
"Pendant la pandémie de COVID-19, il y a eu une augmentation des cas de C. auris, en particulier dans certaines régions des États-Unis qui n'avaient pas eu beaucoup de cas auparavant", a déclaré le Dr Meghan Marie Lyman de la branche des maladies mycotiques du CDC.
Les points chauds des infections à C. auris aux États-Unis comprennent la Californie, l'État de New York et l'Illinois.
La pandémie a fourni des conditions idéales pour que les infections fongiques telles que C. auris et la mucormycose en Inde se propagent dans les hôpitaux.
La dexaméthasone stéroïde que les médecins utilisent pour traiter les patients gravement malades supprime l'immunité contre d'autres infections. De plus, les antibiotiques à large spectre tuent les bactéries qui vivent dans l'intestin et sur la peau qui rivalisent généralement avec les champignons pour l'espace vital.
Les cathéters peuvent permettre à C. auris d'envahir la circulation sanguine et les voies urinaires. Il existe également des preuves que le virus endommage la muqueuse de l'intestin, ce qui fournit au champignon un autre point d'entrée dans la circulation sanguine.
Le Dr Lyman a déclaré que les épidémies peuvent être liées à des changements dans les pratiques de contrôle des infections pendant la pandémie, y compris une disponibilité limitée de gants et de blouses, ou la réutilisation de ces articles, et des changements dans les pratiques de nettoyage et de désinfection.
Un rapport du CDC sur une épidémie en Floride en juillet 2020 impliquait l'utilisation de plusieurs couches d'équipement de protection individuelle dans la propagation du champignon.
« Il y a également eu de nouveaux cas de C. auris sans lien avec des cas connus ou des soins de santé à l'étranger identifiés récemment dans plusieurs États, suggérant une augmentation de la transmission non détectée », a déclaré le Dr Lyman.
Elle a ajouté que le dépistage systématique de la colonisation par C. auris chez les patients dans les établissements de santé a été limité car les ressources ont été détournées pour répondre au COVID-19.
Depuis 2009, date à laquelle C. auris a été identifié pour la première fois au Japon, des infections ont été signalées dans plus de 30 pays.
Cependant, étant donné qu'un équipement de laboratoire spécialisé est nécessaire pour distinguer l'espèce des autres infections à Candida, C. auris est probablement plus répandu.
La plupart des infections restent sensibles aux échinocandines, mais certaines souches du champignon ont développé une résistance aux trois principales classes de médicaments antifongiques.
« Les rapports de cas de C. auris à résistance aux échinocandines ou pan-résistants aux États-Unis sont en augmentation, ce qui est préoccupant car les options de traitement antifongique pour ces infections hautement résistantes sont extrêmement limitées », a déclaré le Dr Lyman.