Alors que les pays les moins riches du monde se bousculent pour le vaccin COVID-19 et font face à des poussées mortelles de la maladie, des chercheurs en Afrique du Sud viennent de documenter un développement inquiétant : la collision de la pandémie avec le VIH/SIDA.
© Fourni par le LA Times
Les généticiens et les spécialistes des maladies infectieuses y ont découvert des mutations de coronavirus potentiellement dangereuses chez une femme de 36 ans atteinte d'un VIH non contrôlé qui n'a pas pu secouer le virus SARS-CoV-2 pendant près de huit mois. La force motrice derrière l'accumulation rapide de changements génétiques chez la patiente est probablement sa réponse immunitaire altérée en raison de son VIH traité sans succès, ont déclaré les chercheurs.
L'affaire met en évidence une vérité difficile : que les pays riches qui se précipitent pour vacciner leurs propres populations resteront vulnérables tant que le coronavirus se propage et mute dans les pays à revenu faible et intermédiaire, où le manque de vaccin a maintenu les taux de vaccination contre le COVID-19 bas. C'est particulièrement vrai dans des pays comme l'Afrique du Sud, où les infections à VIH sont courantes mais souvent non détectées.
"Cela souligne l'avantage de ce virus jusqu'à ce que nous puissions le freiner, et nous devons le freiner à l'échelle mondiale", a déclaré le Dr Bruce Walker, directeur fondateur du Ragon Institute, un centre de recherche en immunologie à Boston.
Alors que la patiente sud-africaine a été diagnostiquée séropositive en 2006, les médecins n'avaient pas été en mesure de contrôler sa charge virale avec un traitement antirétroviral standard, et la population de cellules T CD4+ de son système immunitaire – qui peut jouer un rôle dans l'élimination de l'infection à coronavirus – était très faible..
Pendant 216 jours, la femme a continué à être testée positive pour le virus SARS-CoV-2. Elle a été hospitalisée pour une maladie modérée pendant neuf jours en septembre peu après avoir contracté le coronavirus, mais elle n'est jamais tombée gravement malade avec COVID-19.
Pourtant, le coronavirus qui persistait dans son corps a subi 13 changements génétiques liés à sa protéine de pointe cruciale, ainsi qu'au moins 19 autres changements génétiques ailleurs qui pourraient changer le comportement du virus.
Les nouvelles découvertes soulèvent le spectre que le VIH/SIDA – un fléau vieux de 40 ans qui a tué 32 millions de personnes dans le monde – pourrait compliquer les efforts pour éradiquer une pandémie de COVID-19 qui a tué plus de 3,5 millions de personnes en moins d'un an et demi..
Jusqu'au patient sud-africain, il y avait peu de preuves suggérant que les personnes infectées par le VIH pourraient compliquer la trajectoire de la pandémie. Les personnes séropositives n'étaient pas connues pour être plus susceptibles d'être infectées par le coronavirus. Et la recherche avait suggéré qu’ils n’avaient pas subi les pires conséquences médicales du COVID-19.
Mais si son cas s'avère typique, cette image pourrait changer : les patients VIH dont les infections ne sont pas contrôlées par des médicaments pourraient « devenir une usine de variantes pour le monde entier », a déclaré Tulio de Oliveira, généticien à l'Université du KwaZulu. Natal à Durban, qui a dirigé la nouvelle recherche.
Dans le monde, environ 8 millions de personnes seraient infectées par le VIH sans connaître leur statut. Un autre 1,7 million de personnes prennent des médicaments antirétroviraux qui ne fonctionnent pas bien.
La perspective que le VIH non contrôlé de près de 10 millions de patients puisse engendrer de nouvelles variantes de coronavirus a des implications de grande envergure.
"Il s'agit d'une syndémie", a déclaré le Dr Jonathan Li, en utilisant un terme qui décrit la confluence de deux épidémies avec le potentiel d'aggraver les résultats pour les deux.
Spécialiste des maladies infectieuses au Brigham & Women's Hospital de Boston, Li a été l'un des premiers à documenter la prolifération de mutations importantes du coronavirus chez un seul patient immunodéprimé qui n'a pas pu éliminer son infection à coronavirus pendant plus de cinq mois et a succombé au COVID-19 dernier l'été. Son cas a averti les médecins que ces patients pourraient être de puissants incubateurs de variantes virales.
La plus grande population de patients de Li est constituée de personnes vivant avec le VIH. À partir du moment où des variantes de coronavirus potentiellement dangereuses ont commencé à émerger, il a déclaré qu'il avait «croisé les doigts» pour que les personnes vivant avec le VIH ne se révèlent pas être une source de mutations qui pourraient rendre le virus plus transmissible ou plus difficile à prévenir ou à traiter.
"C'est l'un des premiers rapports selon lesquels certaines de mes craintes pourraient se concrétiser", a déclaré Li, qui n'était pas impliqué dans la nouvelle recherche.
La patiente sud-africaine a contracté le coronavirus en septembre au début de la deuxième vague du pays, bien qu'elle ait été infectée par une souche qui avait été dominante lors de la première vague d'infection du pays.
Plus de 30 changements génétiques ont été détectés dans les échantillons viraux du patient au cours des 27 semaines suivantes, dont une poignée connue pour renforcer la capacité du virus à résister aux vaccins et aux médicaments qui préviennent ou traitent le COVID-19.
Si elles commençaient à circuler largement, elles seraient peut-être devenues l'objet de cauchemars de santé publique : des « variantes d'évasion » capables de prolonger la pandémie.
Il n'est pas encore clair si l'une des mutations qu'elle hébergeait s'est propagée à d'autres personnes. Mais les chercheurs ont déclaré que ce n'était probablement pas une coïncidence si de nouvelles variantes dangereuses sont apparues dans des populations comme celles de la province sud-africaine du KwaZulu Natal, où plus d'un adulte sur quatre est infecté par le VIH.
Le patient a fait l'objet d'un briefing le mois dernier à une organisation de ministres africains de la santé publique, et les détails devraient être bientôt partagés avec les dirigeants de l'Organisation mondiale de la santé. Un rapport de cas a été publié jeudi sur un site Web pour que les chercheurs demandent des commentaires sur leur travail avant la publication officielle.
Il est trop tôt pour savoir si la femme est une valeur aberrante. Mais le rapport de son cas a été largement anticipé par d'autres scientifiques qui sont impatients de le vérifier.
Parmi les surprises : les mutations qui ont émergé chez le patient sud-africain ne semblaient pas être une réponse directe à des médicaments puissants visant à traiter le COVID-19. Le traitement primaire qu'elle a reçu à l'hôpital était l'oxygène supplémentaire.
En effet, si elle n'avait pas été inscrite à une étude sur des patients COVID-19 atteints du VIH ou de la tuberculose, elle n'aurait probablement pas su qu'elle pourrait propager des variantes virales nouvellement écloses à d'autres. Selon toute vraisemblance, son cas n'aurait pas fait l'objet d'un examen plus approfondi.
Au lieu de cela, elle est devenue l'une des 300 participantes dont les épisodes de COVID-19 ont été étudiés pour mieux comprendre comment le VIH affecte la progression et la réponse immunitaire à une infection à coronavirus. Son sang a été testé pour le SRAS-CoV-2 le jour où elle a rejoint l'étude et sept fois par la suite.
Environ six mois après le début de la recherche, deux des médicaments de son cocktail antirétroviral contre le VIH ont été remplacés. En deux semaines, son VIH était sous contrôle strict et elle avait éliminé son infection au SRAS-CoV-2.
Quatre autres participants à l'étude ont eu des infections à coronavirus qui ont duré plus d'un mois. Les chercheurs prévoient également de rechercher des variantes dans leurs échantillons.
Les nouvelles découvertes augmentent les enjeux pour diagnostiquer et traiter partout les personnes atteintes du VIH non reconnues ou insuffisamment traitées, a déclaré De Oliveira, le responsable de l'étude.
L'extension des tests et du traitement aux personnes séropositives non détectées « réduirait la mortalité due au VIH, réduirait la transmission du VIH et réduirait également le risque de générer de nouvelles variantes COVID qui pourraient provoquer d'autres vagues d'infections », a-t-il déclaré.
Comme l'ont montré la variante bêta d'Afrique du Sud et la variante gamma du Brésil, les pays où la vaccination est faible et où les infections ont grimpé en flèche semblent offrir un terrain fertile pour de nouvelles souches. Dans leur pays d'origine et bien au-delà, ces variantes pourraient déclencher de nouvelles vagues de réinfection, même dans les pays où les niveaux de vaccination sont élevés.
L'Afrique du Sud, qui abrite près de 2,2 millions de personnes séropositives non traitées, n'avait vacciné que 183 000 personnes au 31 mai, faisant craindre aux autorités sanitaires une nouvelle vague d'infections.
L'Inde, actuellement le site de la pire vague de COVID-19 au monde, compte près d'un million de personnes infectées par le VIH non traitées. Seuls 12% des Indiens ont reçu une première injection de vaccin COVID-19 et 3,2% sont complètement vaccinés.
A titre de comparaison, les Etats-Unis ont fourni les premières doses à 51% de sa population et entièrement vacciné 41%.
« Nous devons nous engager à rendre les vaccins disponibles dans le monde », a déclaré Walker du Ragon Institute. "Et nous devons être particulièrement réactifs dans les zones où l'infection progresse le plus rapidement."
Le cas de la femme peut également aider à expliquer pourquoi plus de la moitié des nouvelles variantes de coronavirus détectées à ce jour ont été documentées pour la première fois en Afrique.
Le continent abrite environ 7,5 millions de personnes séropositives qui ne sont pas traitées efficacement avec des thérapies antirétrovirales. La plupart ont une immunité altérée, ce qui donne au virus une période plus longue pour se répliquer et muter.
Mais la perspective que le VIH non traité puisse compliquer la phase finale de la pandémie de COVID-19 suggère également un moyen de résoudre les deux problèmes en tandem, avec des effets synergiques, a déclaré De Oliveira.
"Cela pourrait être une occasion en or de contrôler l'épidémie de VIH et de protéger le monde contre les variantes", a-t-il déclaré.
Cette histoire est parue à l'origine dans le Los Angeles Times.
