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Les coronavirus, déjà connus pour se répandre chez les humains à partir de divers animaux et provoquer de nouvelles maladies - le plus catastrophique, le COVID-19 - peuvent sauter chez les humains encore plus souvent que les chercheurs ne le soupçonnaient.
La semaine dernière, une collaboration internationale qui recherchait des virus connus ou nouveaux chez des patients atteints de pneumonie en Malaisie a rapporté que chez huit enfants, ils avaient trouvé des signes d'un coronavirus pouvant provenir de chiens. Plus tôt cette année, un autre groupe a signalé un coronavirus qui semble être passé de porcs à plusieurs enfants en Haïti. Il n'y a pour l'instant aucun signe que l'un ou l'autre des virus puisse se propager d'une personne à l'autre - comme l'étincelle de la pandémie, le SRAS-CoV-2, le fait facilement - ou la preuve définitive qu'ils causent une maladie humaine. Mais les découvertes, qui pourraient faire passer le nombre de coronavirus connus pour infecter les personnes de sept à neuf, soulignent la menace posée par cette famille virale.
«Je pense que plus nous regardons, plus nous constaterons que ces coronavirus traversent des espèces partout», déclare le virologue Stanley Perlman de l'Université de l'Iowa.
Des chercheurs malaisiens se sont initialement associés à un groupe de l'Université Duke pour étudier 301 adultes et enfants hospitalisés pour une pneumonie en 2017-2018. Les huit enfants présentant des signes du coronavirus vivaient principalement dans des maisons longues ou des villages traditionnels de Bornéo, où ils étaient probablement exposés fréquemment aux animaux domestiques et à la faune de la jungle. Les diagnostics hospitaliers standard pour la pneumonie ou d'autres maladies respiratoires n'auraient pas détecté de coronavirus non humains, mais l'équipe de Duke, dirigée par le virologue Gregory Gray, avait développé un test génétique pour les séquences de coronavirus conservées.
Les chercheurs ont examiné des échantillons du nasopharynx - des sécrétions et des cellules prélevées dans la partie supérieure de la gorge chez chaque patient - et chez les enfants ont trouvé des séquences génétiques suggérant un nouveau coronavirus canin. Des collaborateurs de l'Ohio State University (OSU), Wooster, ont ensuite cultivé le virus à partir de l'un des échantillons des enfants et séquencé l'ensemble de son génome. La découverte, rapportée dans Clinical Infectious Diseases, est le premier rapport indiquant qu'un coronavirus semblable à un canin peut se répliquer chez l'homme, et d'autres études devront confirmer cette capacité.
Les chercheurs de l'OSU ont cultivé le virus dans des cellules tumorales de chien, mais pas encore dans des tissus humains. Ils étudient également ses caractéristiques, y compris la protéine de surface du pic que tous les coronavirus utilisent pour se lier aux cellules et déclencher une infection.
Les enfants malais avaient également d'autres infections virales, de sorte que le coronavirus n'a peut-être pas été la cause de la pneumonie. (Ils sont tous restés à l'hôpital pendant 4 à 6 jours et se sont complètement rétablis.) Et chaque infection peut avoir été un saut sans issue chez une personne d'un hôte non humain, au lieu d'une propagation interhumaine. «Nous n'avons aucune preuve claire que ce particulier [coronavirus] La souche est mieux adaptée aux humains en raison de sa structure en pointe », explique la virologue vétérinaire de l'OSU Anastasia Vlasova, qui a dirigé l'effort de culture du virus.
Une image au microscope électronique d'un nouveau coronavirus isolé d'un enfant en Malaisie atteint de pneumonie et cultivé dans des cellules de chien.
IMAGE : CENTRE D'IMAGERIE MOLÉCULAIRE ET CELLULAIRE / CENTRE DE RECHERCHE ET DE DÉVELOPPEMENT AGRICOLE DE L'OHIO / UNIVERSITÉ D'ÉTAT DE L'OHIOBien que le génome du virus ressemble globalement à un coronavirus canin, son pic est étroitement lié à ceux du coronavirus canin de type I et d'un coronavirus porcin connu sous le nom de virus de la gastro-entérite transmissible. Et un élément clé de la protéine présente une similitude de 97% avec le pic d'un coronavirus qui infecte les chats.
Cette chimère est probablement née de multiples échanges génétiques entre divers coronavirus co-infectant des hôtes non humains. «C'est une mosaïque de plusieurs recombinaisons différentes, se produisant encore et encore, quand personne ne regarde. Et puis boum, vous obtenez cette monstruosité », déclare le virologue Benjamin Neuman de la Texas A&M University, College Station. L'hôte final qui a transmis le nouveau virus aux enfants aurait pu être un chat, un cochon, un chien «ou des carnivores sauvages», note Vito Martella, virologue vétérinaire à l'Université de Bari en Italie.
Le génome marque le virus comme un coronavirus alpha - le même genre que deux coronavirus qui causent le rhume. Jusqu'à présent, les coronavirus humains les plus dangereux - ceux qui causent le COVID-19 et deux autres maladies mortelles, le syndrome respiratoire aigu sévère et le syndrome respiratoire du Moyen-Orient - appartiennent au genre bêta. Les chercheurs n'ont pas vu les alphas déclencher une épidémie de maladie grave chez les humains, dit Neuman, "mais cela ne semble pas être beaucoup de confort dans le monde sauvage des virus."
Les coronavirus d'un autre genre peuvent également constituer une menace pour sauter dans les humains. En mars, des chercheurs de l'Université de Floride ont signalé dans une préimpression medRxiv la première preuve d'un coronavirus delta qui infecte les gens, trouvant des signes d'un coronavirus porcin connu dans le sérum de trois enfants haïtiens qui avaient de la fièvre en 2014-2015. On pensait autrefois que les coronavirus Delta n'infectaient que les oiseaux. Puis, en 2012, un porc a infecté à Hong Kong. Il «semble avoir sauté des oiseaux chanteurs», explique la coronavirologue de l'OSU, Linda Saif, qui a cultivé le virus dans des cultures de cellules porcines.
Les coronavirus porcins comme ceux de Hong Kong et d'Haïti sont une menace épidémique potentielle, disent Ralph Baric de l'Université de Caroline du Nord, Chapel Hill, et d'autres virologues, car les porcs sont des «vaisseaux mélangeurs» notoires dans lesquels les virus peuvent échanger des gènes - le même processus qui génère de nouvelles souches dangereuses de grippe. Les inquiétudes concernant le virus en Haïti s'intensifieraient encore plus s'il était prouvé qu'il se transmettait entre les personnes, dit Saif.
Les deux études soulignent la nécessité d'une vigilance accrue, ajoute Baric. «Cette recherche montre clairement que d'autres études sont désespérément nécessaires pour évaluer… la fréquence des croisements d'espèces [coronavirus] transmission et potentiel de propagation interhumaine. »
