Par Anthony KingMay. 20, 2021 à 01h05

Les rapports COVID-19 de Science sont soutenus par la Fondation Heising-Simons.

Deux autres coronavirus peuvent infecter les gens, selon des études

Huit enfants hospitalisés pour une pneumonie en Malaisie il y a plusieurs années avaient des preuves d'infections par un nouveau coronavirus similaire à celui trouvé chez les chiens, rapporte une équipe de recherche aujourd'hui. Seuls sept coronavirus étaient auparavant connus pour infecter les gens, le dernier étant le SRAS-CoV-2, l'étincelle de la pandémie de COVID-19. La découverte de ce nouveau pathogène humain probable, ainsi que le rapport d'un cas de coronavirus qui semble avoir sauté des porcs aux humains il y a de nombreuses années, pourraient considérablement élargir les membres de la famille virale qui constituent une autre menace mondiale.

«Je pense que plus nous regarderons, plus nous constaterons que ces coronavirus traversent des espèces partout», explique Stanley Perlman, virologue à l'Université de l'Iowa qui n'a pas été impliqué dans les nouveaux travaux.

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Les chercheurs n'ont pas établi de lien concluant entre les nouveaux virus et les maladies humaines. Et il n'y a aucune preuve que les deux nouveaux coronavirus puissent se transmettre entre les personnes - chaque infection peut avoir été un saut sans issue chez une personne d'un hôte non humain. Mais de nombreux chercheurs craignent que les virus puissent développer cette capacité chez une personne ou chez les animaux qu'ils infectent normalement. Une séquence génomique complète du virus trouvée chez un patient malaisien, rapportée aujourd'hui dans Clinical Infectious Diseases, révèle une chimère de gènes de quatre coronavirus: deux coronavirus canins précédemment identifiés, un connu pour infecter les chats, et ce qui ressemble à un virus porcin.

Il s'agit du premier rapport suggérant qu'un coronavirus semblable à un canin peut se répliquer chez l'homme, et des études supplémentaires devront confirmer cette capacité. Les chercheurs ont cultivé le virus dans des cellules tumorales de chien, mais pas encore dans des cellules humaines.

Contrairement au SRAS-CoV-2 et à d'autres coronavirus humains connus, «nous n'avons aucune preuve claire que ce [coronavirus] La souche est mieux adaptée aux humains en raison de sa structure en pointes », explique la virologue vétérinaire Anastasia Vlasova de l'Université d'État de l'Ohio (OSU), auteur principal de l'étude. Les infections humaines causées par les coronavirus canins peuvent survenir «à une fréquence beaucoup plus élevée que nous ne le pensions auparavant», ajoute-t-elle. Ce virus particulier peut ne pas se transmettre entre les personnes, mais nous ne le savons pas avec certitude, met en garde Vlasova.

Les huit enfants dont les échantillons de tissus ont été étudiés par Vlasova et ses collègues vivaient principalement dans des maisons longues ou des villages traditionnels du Sarawak rural ou suburbain de Bornéo, où ils étaient probablement fréquemment exposés aux animaux domestiques et à la faune de la jungle. Ils faisaient partie des 301 patients hospitalisés atteints de pneumonie en 2017-2018 et les chercheurs ont examiné les échantillons nasopharyngés de chaque patient - des tissus prélevés dans la partie supérieure de la gorge - pour une grande variété de coronavirus humains et non humains.

Les diagnostics hospitaliers standard pour la pneumonie ou d'autres maladies respiratoires n'auraient pas détecté de coronavirus de chien et de chat. Personne n'a recherché ces virus chez des patients atteints de telles maladies jusqu'à récemment. «Ces coronavirus canins et félins sont partout dans le monde», dit Perlman.

Toute la nouvelle séquence virale des échantillons des enfants ressemble le plus à un coronavirus canin. Cependant, la séquence de sa protéine de pointe, qui se fixe aux récepteurs de la cellule hôte pour déclencher une infection, est étroitement liée à la séquence de pointe du coronavirus canin de type I et à celle d'un coronavirus porcin connu sous le nom de virus de la gastro-entérite transmissible (TGEV). Et une partie de la protéine de pointe présente une similitude de 97% avec la pointe d'un coronavirus félin.

Il est peu probable que cette chimère soit apparue à la fois, mais impliquait plutôt des remaniements génétiques répétés entre différents coronavirus au fil du temps. «C’est une mosaïque de plusieurs recombinaisons différentes, qui se produisent encore et encore, quand personne ne regarde. Et puis boum, vous obtenez cette monstruosité », déclare le virologue Benjamin Neuman de la Texas A&M University.

L'animal qui a effectivement transmis le nouveau virus aux gens aurait pu être un chat, un cochon, un chien «ou des carnivores sauvages», explique Vito Martella, virologue vétérinaire à l'Université de Bari en Italie. Il prévoit de dépister les échantillons fécaux stockés d'enfants italiens atteints de gastro-entérite aiguë pour voir s'il peut trouver quelque chose de similaire.

Les chercheurs savaient déjà que trois sous-types de coronavirus canins se mélangent facilement aux coronavirus félins et porcins. «Ce qui est plus surprenant, c'est que ces [animal] les virus peuvent en fait causer des maladies chez une personne », dit Perlman, car on s'attendrait à ce qu'ils manquent de certains des gènes importants pour bien s'adapter aux humains.

Sept des huit enfants dont les tissus abritaient des séquences du virus étaient âgés de moins de 5 ans, et quatre d'entre eux étaient des nourrissons, pour la plupart issus de groupes ethniques autochtones. Chacun a été hospitalisé pendant 4 à 7 jours et s'est rétabli.

Les scientifiques divisent les coronavirus en quatre genres - alpha, bêta, gamma et delta - et le nouveau est un alpha. C'est le troisième coronavirus alpha de ce type à infecter les gens; les deux autres causent des rhumes et la plupart des gens y sont exposés tôt dans la vie. Ce schéma peut expliquer pourquoi seuls les enfants ont peut-être été écœurés par ce nouveau modèle. Ralph Baric, virologue à l'Université de Caroline du Nord, Chapel Hill, suggère que les adultes pourraient avoir une certaine immunité contre le coronavirus alpha nouvellement découvert en raison d'une exposition répétée aux deux autres.

Jusqu'à présent, les coronavirus humains les plus dangereux - SRAS-CoV-1, SRAS-CoV-2 et MERS-CoV - sont les bêtas. Les chercheurs n’ont pas vu les alphas déclencher une épidémie de maladie grave chez les humains, dit Neuman, «mais cela ne semble pas être un grand réconfort dans le monde sauvage des virus.»

En mars, des chercheurs de l'Université de Floride ont rapporté dans une préimpression medRxiv la première preuve d'un coronavirus delta porcin infectant des personnes, dans le sérum de 3 enfants haïtiens qui avaient de la fièvre en 2014-15. Les chercheurs ont transféré des échantillons de sérum dans des cellules de singe et ont pu cultiver des virus qu'ils associaient, génétiquement, à des coronavirus porcins connus. (Le travail a été soumis à une revue à comité de lecture.)

On pensait autrefois que les coronavirus Delta n'infectaient que les oiseaux. Puis, en 2012, un porc infecté par un delta-coronavirus à Hong Kong. Il «semble avoir sauté des oiseaux chanteurs», explique la coronavirologue de l'OSU, Linda Saif, qui a ensuite isolé le virus dans des cultures de cellules porcines.

Le même virus a provoqué une épidémie de maladie diarrhéique mortelle majeure chez les bébés porcs aux États-Unis en 2014. Il a depuis été démontré qu'il infectait des lignées cellulaires d'humains, de porcs et de poulets; des études de laboratoire ont montré que le virus provoque une infection persistante et des maladies diarrhéiques lorsqu'il est introduit dans la volaille. «Il s’agit de lui-même, un virus de type champ gauche qui infecte à la fois les espèces aviaires et mammifères», explique Baric. «À ma connaissance, aucun autre coronavirus ne peut faire cela.»

Certains virologues ont qualifié le coronvirus du delta de Hong Kong de menace de pandémie. Le virus haïtien diffère considérablement et les virologues veulent tester les enfants et les adultes locaux pour des anticorps contre lui. Si sa capacité à infecter les gens est confirmée, elle peut également être considérée comme une menace de pandémie, dit Saif.

Ensemble, les deux rapports soulignent l'importance des maladies animales en santé publique et la nécessité de vaccins contre les coronavirus pour les animaux domestiques. «Cette recherche montre clairement que d'autres études sont désespérément nécessaires pour évaluer les questions critiques concernant la fréquence des espèces croisées. [coronavirus] transmission et potentiel de propagation interhumaine », explique Baric.

Gregory Gray de l'Université Duke, l'auteur principal de l'étude malaisienne sur le coronavirus chimérique, préconise également la surveillance chez les patients atteints de pneumonie dans des zones connues pour être des points chauds pour de nouveaux virus ou des endroits où de grandes populations d'animaux et d'humains se mélangent, tels que les marchés d'animaux vivants et grandes fermes. «Ces retombées prennent des années», dit Gray. «Ce n’est pas comme dans les films. Ils passent par différentes étapes pour infecter les humains. »