Les chercheurs ont échantillonné différentes espèces de chauves-souris se perchant dans la grotte de Wavul Galge au Sri Lanka et ont trouvé deux espèces abritant des alpha et bêta-coronavirus.
Les chauves-souris sont un important réservoir de virus. Ils peuvent voler sur de longues distances et ont des habitudes de repos sociables, ce qui augmente les chances de transmission du virus à d'autres espèces. Il y a eu plusieurs épidémies récentes de virus chez l'homme, comme Ebola, Marburg, Nipah, et la plus récente épidémie de coronavirus à l'origine de la pandémie de la maladie à coronavirus 2019 (COVID-19). Comprendre comment les chauves-souris et les virus ont co-évolué peut aider à développer des stratégies pour contenir ou atténuer de telles épidémies.
Les coronavirus peuvent être subdivisés en quatre catégories, les coronavirus alpha, bêta, gamma et delta. Les coronavirus alpha et bêta ont été détectés chez les chauves-souris, qui pourraient être leur réservoir naturel, mais aussi chez d'autres animaux comme les ânes et les porcs.
Les pays asiatiques ont un grand nombre d'espèces de chauves-souris. Au Sri Lanka, environ 30 espèces de chauves-souris différentes peuvent être trouvées et ces populations abritent probablement des coronavirus alpha et bêta.
Des chercheurs ont récemment étudié les chauves-souris dans l'une des plus grandes grottes naturelles du Sri Lanka, la grotte de Wavul Galge, qui abrite cinq espèces de chauves-souris différentes. Ils ont trouvé des preuves de la présence de coronavirus alpha et bêta chez ces chauves-souris et ont récemment publié leurs résultats dans la revue Vaccines.
Virus SRAS-CoV-2. Crédit d'image : Corona Borealis Studio/Shutterstock.com
Tester les coronavirus
L'équipe a collecté des échantillons de chauves-souris appartenant aux genres Miniopterus, Rousettus, Rhinolophus ou Hipposideros en mars et juillet 2018 et en janvier 2019. Ils ont collecté des écouvillons oraux et rectaux ou des excréments, en ont extrait l'ARN, les ont transcrits en ADNc et criblés pour les coronavirus en utilisant un test de réaction en chaîne par polymérase. Les produits de PCR positifs ont été séquencés, les séquences ont été analysées et alignées avec des souches de référence de coronavirus connues.
Sur un total de 255 écouvillonnages rectaux et 141 échantillons fécaux, 33 échantillons ont été testés positifs pour les coronavirus. Le séquençage a révélé au moins 384 nucléotides apparaissant le plus fréquemment à la même position, ou une séquence consensus. Pour l'échantillon de M. fuliginosus, quatre étaient identiques à 100 %, tandis que d'autres présentaient une différence dans au moins un nucléotide, avec des identités comprises entre 65 % et 99 %. Les deux échantillons positifs de R. leschenaultii partagent environ 56 à 63 % des séquences nucléotidiques avec M. fuliginosus.
Après une analyse plus approfondie des séquences, l'équipe a attribué tous les échantillons de M. fuliginosus aux coronavirus alpha. Les séquences de R. leschenaultii ont été attribuées aux bêta-coronavirus. R. leschenaultii est une chauve-souris frugivore qui habite depuis longtemps la grotte de Wavul Galge.
L'équipe a trouvé 31 coronavirus alpha chez les chauves-souris M. fuliginosus. Il existe une grande variété dans les séquences nucléotidiques obtenues à partir de ces chauves-souris. Les chercheurs ont utilisé la RdRP hautement conservée pour leur analyse. Bien que ce gène soit important pour la réplication virale et moins sensible aux mutations, les coronavirus ont un taux de mutation rapide, provoquant probablement la grande diversité de ce gène.
L'analyse a également indiqué la présence de différents coronavirus alpha au sein de l'espèce. Ils ont également trouvé les HKU8 et HKU7 et d'autres coronavirus apparentés dans ces chauves-souris, suggérant que les chauves-souris de cette espèce sont probablement les hôtes de ces coronavirus.
Variété d'alpha- et bêta-coronavirus
Les chauves-souris M. fuliginosus ont été au centre de l'étude en raison de leur comportement migratoire. Ils migrent des colonies près de la grotte de Wavul Galge entre juillet et août. La présence de chauves-souris de différentes régions peut expliquer la variation des virus. D'autres études seront nécessaires pour comprendre s'il y a une transmission ou un échange de virus lorsque les chauves-souris migrent vers la grotte.
Bien que l'équipe ait également échantillonné des espèces de Rhinolophus et d'Hipposideros, elle n'a trouvé aucun échantillon testé positif pour les coronavirus. Cela pourrait être dû au fait que le nombre de chauves-souris échantillonnées de ces espèces était faible ou qu'il existe une saisonnalité chez ces animaux excrétant des virus.
Bien que les différentes espèces de chauves-souris se perchent ensemble dans la grotte, les virus semblent être spécifiques aux hôtes. Ils n'ont détecté des coronavirus alpha que chez M. fuliginosus, bien que les Hipposideros soient également connus pour être porteurs de ces virus. Cela suggère qu'il n'y a pas eu de transmission de virus entre les espèces.
À l'aide d'un outil d'analyse des risques pour classer la propagation du virus à l'homme, les chercheurs ont évalué le risque de propagation des virus de M. fuliginosus et R. leschenaultii. Pour R. leschenaultii, ils ont vérifié le bêta-coronavirus HKU9, qui a un score de classement élevé et est répertorié à 14 dans le classement des risques de 887 virus. Pour l'espèce M. fuliginosus, le classement du coronavirus alpha le plus proche était de 40.
Bien que des espèces de chauves-souris hébergeant différents coronavirus soient présentes dans la grotte, il y a peu de preuves de transmission du virus. Cela suggère que les retombées ne se produisent qu'en raison de l'intrusion humaine dans les zones où vivent les chauves-souris. La surveillance des chauves-souris pourrait nous aider à mieux comprendre et prévenir la transmission zoonotique.
