Kurt Williamson (WYDaily / avec la permission de Steve Salpukas)

En février, le virologue Kurt Williamson, professeur agrégé au Département de biologie de William & Mary, a répondu aux questions sur COVID-19 et le virus qui cause la maladie lorsque l’épidémie commençait à se propager. Nous lui avons demandé de revoir la pandémie de coronavirus.

 Les choses se sont bien détériorées que je ne l'aurais espéré: Une séance de COVID-19 avec un virologue (partie 2)

Notre premier Q & A a eu lieu à la mi-février. Dans quelle mesure l’épidémie de COVID-19 a-t-elle été conforme à vos attentes à ce moment-là ?

Honnêtement, les choses ont empiré bien plus que je ne l’avais espéré à l’époque. Je m’attendais à ce que sa portée soit plus large que celle de l’épidémie de SRAS de 2003, se propageant à plus de pays et infectant plus de personnes dans le monde. Cette épidémie avait le potentiel de s’aggraver très rapidement, mais mon espoir optimiste à l’époque était que nous pourrions y faire face, faire plus d’atténuation – que nous ne verrions pas les choses devenir aussi mauvaises qu’elles le sont maintenant.

Beaucoup de gens sont surpris – et certains sont sceptiques – que les scientifiques puissent dire que les cas de coronavirus à New York sont venus d’Europe et non de Chine. Pouvez-vous expliquer la science ici ?

Les virus avec des génomes d’ARN, comme ce coronavirus, mutent à un rythme prévisible. Ce taux de mutation provient de l’enzyme que le virus utilise pour copier son génome ARN afin de produire plus de virus. L’enzyme copiante fait des erreurs à un taux moyen de 1 erreur pour 10 000 nucléotides copiés. Nous pouvons essentiellement suivre ces erreurs pour reconstituer comment et d’où proviennent les différentes mutations.

Vous pouvez penser à cela comme un scribe copiant un manuscrit. Avant l’imprimerie, les gens devaient copier les documents à la main, et les scribes feraient cette tâche laborieuse. Supposons que notre scribe copie et qu’il se trompe – disons que dans la phrase qu’il copie, le mot était censé être « chat » et il a accidentellement écrit « rat ». Vous avez maintenant une erreur.

Il envoie ce manuscrit, erreur et tout, hors de son bureau pour que d’autres le lisent et le copient. Quiconque fait une copie de ce manuscrit conservera le mot « rat » au lieu de « chat ». Et les futures copies de cette copie ont toutes la substitution rat-pour-chat.

Supposons qu’un scribe différent travaillant dans un bureau différent travaille sur le même manuscrit, mais elle copie « bat » au lieu de « cat ». Maintenant, toutes les copies suivantes provenant de son bureau ont la substitution chauve-souris pour chat. Si nous pouvons mettre la main sur autant d’exemplaires de ce manuscrit que possible, nous pouvons comparer toutes les copies et rechercher des changements: celui-ci a « chat » dans cette phrase.

Un autre a « rat » dans la même position dans la même phrase. Un autre encore a « bat » dans la même position dans la même phrase. En traçant de quel bureau provient le manuscrit et quand cette copie a été faite, nous pouvons déterminer quelles erreurs sont venues de quels endroits et quand. Nous pouvons aussi souvent déterminer la formulation originale – la source.

Revenons au virus: si nous collectons de nombreux échantillons de virus de différentes personnes et que nous savons où et quand les échantillons ont été prélevés, nous pouvons comparer la séquence nucléotidique des génomes du virus (le contenu du manuscrit) et rechercher des changements. Nous pouvons lier ces modifications à des lieux et heures spécifiques.

Vaccin vs cure: Du point de vue d’un virologue, lequel est le plus susceptible de venir en premier ?

Il n’y a vraiment aucun remède contre les maladies causées par des virus. Les infections bactériennes peuvent être guéries car les antibiotiques tuent les bactéries qui causent la maladie. Les virus ne répondent pas aux antibiotiques, mais nous avons des médicaments antiviraux qui fonctionnent avec plus ou moins de succès. La plupart des antiviraux tentent d’exploiter une fonction moléculaire dont le virus a besoin, mais pas nos cellules. Il y a eu de nombreux candidats prometteurs au fil des ans, mais très peu de médicaments antiviraux ont écarté la façon dont nous espérions qu’ils pourraient avoir des premiers résultats des essais cliniques.

Il y a beaucoup de buzz en ce moment sur les tests d’un médicament antiviral par Gilead Sciences. Mais voici le problème: historiquement, les antiviraux les plus efficaces ont été les médicaments antirétroviraux pour les personnes vivant avec le VIH et des médicaments comme l’acyclovir (Valtrex) pour supprimer l’herpès simplex. Aucun de ces médicaments ne guérit l’infection – ils aident seulement les gens à contrôler l’infection afin qu’ils puissent vivre une vie généralement normale.

C’est un point important. Nous avons peu ou pas de thérapies qui arrêteront un virus sur ses traces. La plupart de nos traitements contre les infections virales sévères sont ce qu’on appelle une « thérapie de soutien » – vous essayez de garder les gens en vie et stables pendant que leur système immunitaire se bat contre le virus. Et nous espérons que le système immunitaire de la personne finira par l’emporter. Il s’agit d’une dure réalité, et il est important que les gens la comprennent.

C’est aussi pourquoi la prévention est notre défense de première ligne contre les virus. Les vaccins sont le summum de la prévention. Les vaccins exposent les individus aux virus, ou souvent à des morceaux de virus, de manière sûre et contrôlée. Cela permet à leur système immunitaire de développer des anticorps protecteurs contre ce virus sans contracter la maladie causée par le virus.

Ensuite, une fois que vous avez des anticorps protecteurs, si vous êtes exposé au virus dans votre routine quotidienne, votre système immunitaire est prêt à fonctionner. Vous pouvez le combattre. En l’absence d’un vaccin qui confère une immunité protectrice, le résultat spécifique pour une personne qui contracte une infection virale est à risque.

Les scientifiques et les experts médicaux ont une grande expérience des autres coronavirus. Dans quelle mesure ce roman colle-t-il au livre de jeu des coronavirus ?

Il y a des coronavirus qui infectent les humains depuis probablement plus d’un siècle. Ces coronavirus provoquent de légers symptômes de rhume et sont rarement un problème en termes d’hospitalisations et de décès.

Cette épidémie actuelle, et les épidémies de coronavirus précédentes (comme le SRAS en 2003), ont été ce qu’on appelle des événements de propagation, où le virus saute d’un réservoir animal à un hôte humain – puis se propage à partir de là. De nombreux épidémiologistes et écologistes des maladies ont tendance à considérer les retombées comme un cas où, initialement, le virus n’est pas si bon à se répliquer chez l’hôte humain. Mais il va de mieux en mieux au fur et à mesure qu’il se déplace à travers de plus en plus d’humains, car le virus est en mutation et évolue tout le temps.

Chaque fois que de nouvelles copies de virus sont effectuées, la sélection agit de sorte que les variantes de séquence qui sont bonnes à se répliquer dans les cellules humaines (par opposition aux cellules hôtes animales précédentes) – ces variantes de séquence font le plus de progéniture. Le virus s’infecte donc de mieux en mieux et se transmet d’homme à homme.

Ce n’était pas le cas pour cette épidémie actuelle. Une analyse récente des coronavirus hébergés par les chauves-souris a montré que bon nombre de ces virus ont déjà la capacité d’infecter les cellules humaines. En d’autres termes, cette période de transition consistant à mieux infecter les humains n’existait pas.

Le virus pourrait passer des espèces animales réservoirs aux humains et décoller et se propager immédiatement dans la population humaine. Il s’agit d’un changement majeur dans le « livre de jeu » pour ainsi dire, et dans notre compréhension des retombées et des zoonoses.

Il y a beaucoup de spéculations sur une possible origine humaine du SARS-CoV-2. D’après votre connaissance des coronavirus, quelle est la probabilité que celui-ci soit conçu ?

Pour répondre à cette question, il y a beaucoup de chevauchement avec la question précédente sur la façon dont cette pandémie actuelle est similaire ou différente des autres éclosions de coronavirus. Encore une fois, il a été démontré que des centaines de types de coronavirus sont hébergés par des chauves-souris et certains de ces coronavirus ont déjà la capacité d’infecter des cellules humaines.

Cela suggère fortement qu’il existe des réservoirs naturels d’animaux, et lorsque les humains entrent en contact avec ces espèces réservoirs, des infections virales peuvent être transmises. De plus, le grand groupe de virus génétiquement apparentés mais distincts portés par les chauves-souris suggère que ces virus sont apparus par mutation, dérive et sélection (processus d’évolution), plutôt que par un processus dirigé comme l’ingénierie.

Nous entendons beaucoup parler des dates auxquelles le COVID-19 devrait culminer. Est-il susceptible de disparaître ?

À ce stade, le virus se propage, sans contrôle, à travers le monde. La distanciation sociale contribue à ralentir la propagation. Mais la grande majorité de la population humaine n’a pas encore été exposée et n’a aucune immunité protectrice.

Il faudrait arrêter complètement la chaîne de transmission partout, simultanément. Tant qu’il reste quelques individus infectés, tout cela peut être déclenché à nouveau. C’est une autre dure réalité, mais il est probable que ce virus est là pour rester. Il est donc d’autant plus important qu’un vaccin sûr et efficace soit développé et distribué dès que possible. Et, j’ajouterais, il sera également important pour les gens de se faire vacciner une fois qu’il sera disponible.

Des réflexions pour l’avenir ?

Une pandémie comme celle-ci aurait pu survenir avec le SRAS, le MERS ou un certain nombre de flambées antérieures de coronavirus dans la population humaine. Une partie de la raison pour laquelle ces précédents sauts de coronavirus dans la population humaine n’ont pas explosé comme celle-ci est simplement due à la chance.

Comme nous le voyons en ce moment, nous ne pouvons pas compter sur la bonne chance pour mener la journée pour la santé publique mondiale ou l’économie mondiale. Il est dangereux de penser que c’est la dernière pandémie, ou même la dernière pandémie de coronavirus, à laquelle nous sommes susceptibles de faire face.

Nous devons nous préparer pour le prochain, donc nous aurons à portée de main tout ce dont nous avons besoin, des EPI et des ventilateurs aux outils législatifs et politiques bien compris. Cela comprend également une budgétisation soutenue pour les équipes d’experts et le personnel connexe, ainsi que pour la poursuite des efforts de recherche et développement.

Joseph McClain est directeur des communications de recherche chez William & Mary.

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