Pourquoi certains chercheurs s'opposent au partage illimité des données sur les coronavirus

L'Afrique continentale et l'Amérique du Sud ont plus que doublé le nombre de séquences de SRAS-CoV-2 qu'elles ont contribué à GISAID entre janvier et avril de cette année. Pour les chercheurs de l'Institut national de la recherche biomédicale (INRB) de Kinshasa, en République démocratique du Congo, la décision de partager ces séquences était au départ lourde. Alors qu'il travaillait en Guinée pendant l'épidémie de virus Ebola de 2014-2016, un scientifique expérimenté a été alarmé d'apprendre que tous les spécimens collectés par les chercheurs africains étaient expédiés hors du pays.

La plupart des articles scientifiques et des brevets sur ces échantillons ont été rédigés par des scientifiques de pays riches. Les laboratoires en Guinée n’ont pas profité durablement de ce travail et restent aujourd’hui incapables de séquencer les échantillons.
Les chercheurs de l'INRB hésitaient donc à partager les données génomiques du SRAS-CoV-2, explique Eddy Kinganda-Lusamaki, microbiologiste à l'institut.

Mais après avoir examiné les exigences de crédit et de collaboration de GISAID, Kinganda dit avoir décidé de partager ses données avant la publication.
Mais une telle prudence va à l'encontre du mouvement croissant de l'open source. Le 4 mai, une lettre en ligne appelant les chercheurs à mettre les séquences du génome dans le domaine public a été signée par 778 scientifiques d'universités et de sociétés pharmaceutiques - dont 99% sont basés en Europe, aux États-Unis et au Canada.

Rolf Apweiler, codirecteur du groupe qui a publié la lettre fin janvier, a déclaré l'Institut européen de bioinformatique près de Cambridge, au Royaume-Uni. Nature, «Le séquençage n'est pas destiné à enrichir la carrière de chercheurs individuels, mais à lutter contre une pandémie.»
Tulio de Oliveira, directeur de la plate-forme de recherche et d'innovation et de séquençage du KwaZulu-Natal à Durban, en Afrique du Sud, est d'accord.

Mais il rétorque que l’objectif le plus immédiat de ceux qui séquencent le SRAS-CoV-2 est de guider la riposte de leur propre pays à l’épidémie, et que les gouvernements écoutent le plus souvent leurs propres scientifiques.

Exigences en matière de libre accès

La lettre d'Apweiler a récemment attiré l'attention du directeur du NIH Francis Collins. Dans un e-mail du 21 avril adressé à des dizaines de scientifiques internationaux - partagé de manière anonyme avec Nature - Collins liens vers la lettre, ainsi que des articles de presse dans Nature et La science concernant les plaintes concernant les politiques de partage de données de GISAID.

Il dit que les bailleurs de fonds mondiaux de la santé, tels que les NIH, sont les mieux placés pour fixer des normes sur le partage, et demande une réunion pour discuter de la façon d'améliorer l'accès aux données tout en protégeant les intérêts des scientifiques qui déposent des données. Glenda Gray, présidente du Conseil sud-africain de la recherche médicale au Cap, a répondu dans la chaîne de courrier électronique que si une exigence d'accès ouvert se concrétise, de nombreux scientifiques cesseront de partager rapidement. «Si l'on ne fait pas attention», écrit-elle, «on ne reviendra au modèle de dépôt de données qu'après publication, ce qui peut prendre des mois, voire des années.

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Collins n'a pas répondu à une demande de commentaire de Nature.
La Fondation Gates parle également de partage de données. Il a déclaré aux Centres africains de contrôle et de prévention des maladies qu'à l'avenir, il pourrait encourager les bénéficiaires de subventions à partager leurs résultats sur des bases de données en libre accès, explique Yenew Kebede Tebeje, microbiologiste à l'agence d'Addis-Abeba.

Un représentant de la Fondation Gates dit que GISAID ou toute base de données accessible suffit pour partager les séquences génomiques, mais n'a pas répondu NatureQuestion sur les besoins futurs.
Un éditorial anonyme publié le 4 mai sur le site d'information en ligne sud-africain LIO fait valoir qu'une poussée des pays riches pour des données ouvertes est suspecte, étant donné la fréquence à laquelle les scientifiques des pays du Sud ne sont pas reconnus. «Une mentalité néocoloniale imprègne depuis longtemps la communauté scientifique», dit l'éditorial.

Les craintes d’exploitation n’ont cependant pas changé l’avis d’Apweiler. «L'accent mis sur les pays à revenu faible ou intermédiaire est bizarre parce que leur quantité de données est relativement faible», dit-il. L'Afrique a téléchargé environ 13 000 séquences sur GISAID, et l'Amérique du Sud a téléchargé 14 000 séquences, par exemple, contre environ 380 000 pour le Royaume-Uni uniquement.

Mais d'autres notent que, à mesure que les taux de COVID-19 chutent en Europe et aux États-Unis, des variantes dangereuses sont plus susceptibles d'apparaître dans les pays à revenu faible et intermédiaire avec peu de vaccins. Les séquences provenant de ces endroits seront donc très demandées, explique Nuno Faria, virologue informatique à l'Institut de médecine tropicale de l'Université de São Paulo au Brésil et à l'Imperial College de Londres. Parce que les chercheurs brésiliens ont partagé des données sur le GISAID, souligne Faria, la variante P.

1, qui semble rendre les vaccins légèrement moins efficaces1, est connue pour représenter désormais 82% de tous les génomes de coronavirus séquencés dans le pays. Et, au Pérou, où le P.1 se propage également, les chercheurs affirment que si le GISAID n'offrait pas de protection aux déposants de données, il y aurait probablement moins de partage.