(Bloomberg) – Des chauves-souris vivant dans des grottes calcaires du nord du Laos se sont révélées être porteuses de coronavirus qui partagent une caractéristique clé avec le SRAS-CoV-2, rapprochant les scientifiques de la détermination de la cause de Covid-19.
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Des chercheurs de l'Institut Pasteur de France et de l'Université du Laos ont recherché des virus similaires à celui qui cause le Covid parmi des centaines de chauves-souris en fer à cheval. Ils en ont trouvé trois avec des domaines de liaison aux récepteurs étroitement appariés – la partie de la protéine de pointe du coronavirus utilisée pour se lier à l'ACE-2 humaine, l'enzyme qu'elle cible pour provoquer une infection.
La découverte, rapportée dans un article publié vendredi qui est à l'étude pour publication par une revue Nature, montre que des virus étroitement liés au SRAS-CoV-2 existent dans la nature, y compris chez plusieurs espèces de Rhinolophus, ou chauves-souris en fer à cheval. La recherche soutient l'hypothèse que la pandémie a commencé à partir d'un débordement d'un virus transmis par les chauves-souris. Environ 1 000 de ces infections pourraient survenir quotidiennement dans le sud de la Chine et en Asie du Sud-Est dans des zones à forte densité de populations de chauves-souris du genre Rhinolophus, a révélé mardi une étude.
Les trois virus trouvés au Laos, surnommés BANAL-52, BANAL-103 et BANAL-236, sont "les ancêtres les plus proches du SRAS-CoV-2 connus à ce jour", a déclaré Marc Eloit, responsable de la découverte des agents pathogènes à l'Institut Pasteur en Paris, et co-auteurs. "Ces virus peuvent avoir contribué à l'origine du SRAS-CoV-2 et peuvent intrinsèquement poser un risque futur de transmission directe à l'homme."
Les domaines de liaison au récepteur de trois coronavirus du Laos sont plus proches de celui du SRAS-CoV-2 que du virus RaTG13 identifié chez les chauves-souris Rhinopholus affinis du puits de mine de Mojiang dans la province du Yunnan, qui était considéré comme la correspondance la plus proche de la souche pandémique. Le virus BANAL-236 a un domaine de liaison au récepteur presque identique au virus pandémique, selon l'article.
"Le domaine de liaison au récepteur du SRAS-CoV-2 semblait inhabituel lorsqu'il a été découvert pour la première fois car il y avait si peu de virus auxquels le comparer", a déclaré Edward Holmes, un biologiste de l'évolution à l'Université de Sydney, qui n'était pas impliqué dans le recherche.
Recherche d'ancêtres
"Maintenant que nous prélevons davantage d'échantillons dans la nature, nous commençons à trouver ces morceaux de séquence de gènes étroitement liés", a déclaré Holmes dans un e-mail samedi. "Finalement, avec plus d'échantillonnage, l'ascendance naturelle de l'ensemble du génome du SRAS-CoV-2 sera révélée."
Aucun des virus de chauve-souris isolés au Laos n'abrite un site de clivage de la furine dans la pointe qui facilite l'entrée dans les cellules. C'est une caractéristique du virus SARS-CoV-2 qui a conduit certains scientifiques à théoriser qu'il a été créé en laboratoire.
Aucune preuve à l'appui de la théorie des fuites en laboratoire n'a émergé. Le mois dernier, la communauté du renseignement américaine a exclu la possibilité que le SARS-CoV-2 ait été développé par la Chine en tant qu'arme biologique, mais aucun consensus n'a été atteint sur son origine.
L'absence de clivage de la furine peut s'expliquer par un échantillonnage insuffisant chez les chauves-souris, ou par l'acquisition du site de clivage de la furine au cours des chaînes de transmission chez un hôte animal alternatif, ou lors d'une circulation non signalée chez l'homme aux premiers stades de l'épidémie lorsque le virus peut avoir causé peu de symptômes, ont déclaré les auteurs.
"Nos résultats mettent en évidence la présence de nouveaux sarbécovirus de chauve-souris qui semblent avoir le même potentiel d'infection des humains que les premières souches de SRAS-CoV-2", ont-ils déclaré.
Collectionneurs de guanos
Les personnes qui passent du temps dans ou à proximité des grottes, comme les collectionneurs de guano, sont particulièrement à risque d'être exposées. Des investigations supplémentaires sont nécessaires pour évaluer si les personnes exposées aux chauves-souris ont été infectées par l'un de ces virus et si elles possèdent des anticorps susceptibles de fournir une protection contre les infections ultérieures au SRAS-CoV-2.
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"Cet article est vraiment intéressant et nous avons besoin de plus de recherches comme celui-ci", a déclaré Maria Van Kerkhove, responsable technique de l'Organisation mondiale de la santé pour Covid-19, dans un e-mail.
Les chercheurs ont étudié 645 chauves-souris de 46 espèces capturées sur quatre sites - dans les districts de Fueng et Meth de la province de Vientiane, et dans les districts de Namor et Xay dans la province d'Oudomxay - entre juillet 2020 et janvier 2021. Les chauves-souris vivent dans le terrain karstique calcaire commun vers la Chine, le Laos et le Vietnam dans la péninsule d'Indochine.
L'article met en évidence la diversité des virus de type SRAS-CoV-2 présents chez les chauves-souris en Asie du Sud-Est, a déclaré Holmes.
"L'échantillonnage continu est le seul moyen de comprendre les origines de ce virus et il est important que davantage d'échantillonnages soient effectués dans toute la Chine car cela reste le lieu d'origine le plus probable", a-t-il déclaré. « Cette étude souligne que les coronavirus de chauve-souris qui ont le potentiel d'infecter les humains existent facilement dans la nature et pourraient émerger à tout moment. C’est le risque clair pour l’avenir. »
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