Ici, nous fournissons une mise à jour sur notre article précédent, 1
- Meredith LW
- Hamilton WL
- Warne B
- et coll
Mise en œuvre rapide du séquençage du SRAS-CoV-2 pour enquêter sur les cas de COVID-19 associés aux soins de santé : une étude prospective de surveillance génomique.
qui décrit l'utilisation du séquençage rapide du génome du SRAS-CoV-2 pour enquêter sur les infections nosocomiales (HAI) au Cambridge University Hospitals NHS Foundation Trust (CUH), Cambridge, Royaume-Uni. CUH a connu une deuxième vague importante de COVID-19 (figure). Entre le 2 novembre 2020 et le 7 février 2021, 162 (14%) des 1178 patients atteints de COVID-19 à CUH avaient une IHA suspectée ou définitive (telle que définie précédemment1
- Meredith LW
- Hamilton WL
- Warne B
- et coll
Mise en œuvre rapide du séquençage du SRAS-CoV-2 pour enquêter sur les cas de COVID-19 associés aux soins de santé : une étude prospective de surveillance génomique.
), et 465 agents de santé infectés (TS) ont été identifiés via le programme de dépistage du personnel.2
- Rivett L
- Sridhar S
- Sparkes D
- et coll
Le dépistage des agents de santé pour le SRAS-CoV-2 met en évidence le rôle du portage asymptomatique dans la transmission du COVID-19.
Le séquençage des nanopores a été tenté pour 513 (44%) des 1178 patients, en donnant la priorité à ceux avec des infections survenues à l'hôpital, et 324 (70%) des 465 TS; 252 (21%) des 1178 patients et 317 (68%) des 465 travailleurs de la santé avaient des génomes du SRAS-CoV-2 disponibles après filtrage de contrôle de qualité (comme décrit précédemment1
- Meredith LW
- Hamilton WL
- Warne B
- et coll
Mise en œuvre rapide du séquençage du SRAS-CoV-2 pour enquêter sur les cas de COVID-19 associés aux soins de santé : une étude prospective de surveillance génomique.
). La couverture des patients était inférieure à celle de notre étude précédente1
- Meredith LW
- Hamilton WL
- Warne B
- et coll
Mise en œuvre rapide du séquençage du SRAS-CoV-2 pour enquêter sur les cas de COVID-19 associés aux soins de santé : une étude prospective de surveillance génomique.
et pour les travailleurs de la santé, reflétant les différentes méthodes de test de diagnostic et les limites de la capacité de séquençage. La fréquence de la lignée B.1.1.7 PANGO3
- Rambaut A
- Holmes CE
- O'Toole Á
- et coll
Une proposition de nomenclature dynamique pour les lignées SRAS-CoV-2 pour aider l'épidémiologie génomique.
est passé de 8% (neuf sur 109) en novembre 2020 à 83% (257 sur 311) en janvier 2021.Comme lors de la première vague, des flambées de COVID-19 d'origine hospitalière sont survenues dans des services destinés aux patients sans COVID- 19, appelés quartiers verts. Lorsque la génomique était disponible, les cas dans ces services étaient souvent groupés phylogénétiquement (génomes viraux avec des différences de polymorphisme de zéro à un nucléotide unique), ce qui correspond à la transmission basée sur la salle.1
- Meredith LW
- Hamilton WL
- Warne B
- et coll
Mise en œuvre rapide du séquençage du SRAS-CoV-2 pour enquêter sur les cas de COVID-19 associés aux soins de santé : une étude prospective de surveillance génomique.
Cette transmission s'est produite malgré des efforts substantiels pour réduire les IAS, y compris le port de masque chirurgical universel par le personnel, le dépistage du SRAS-CoV-2 de tous les patients à l'admission à l'hôpital et régulièrement par la suite, la cohorte des patients dans les salles vertes, ambrées et rouges, et un personnel complet. programme de dépistage. La transmission continue en milieu hospitalier malgré ces efforts souligne à quel point il est difficile de limiter la transmission du SRAS-CoV-2 dans les hôpitaux dont la capacité des chambres secondaires est limitée, étant donné la forte infectivité du SRAS-CoV-2 et le potentiel de transmission asymptomatique. Les données génomiques ont été présentées lors de sept des 11 réunions d'examen clinique des IAS et lors des réunions de contrôle des infections, éclairant la prise de décision. Les vaccinations du personnel ont commencé en janvier 2021 et ont déjà eu un impact substantiel sur la réduction de l'incidence du COVID-19.4
- Jones NK
- Rivett L
- Matelot S
- et coll
Le vaccin BNT162b2 à dose unique protège contre l'infection asymptomatique par le SRAS-CoV-2.
Notre expérience des première et deuxième vagues épidémiques de COVID-19 à CUH a identifié plusieurs défis liés à l'application de la surveillance génomique prospective au contrôle des infections. Premièrement, une collaboration étroite et efficace entre les équipes cliniques, de contrôle des infections, de séquençage et d'analyse bio-informatique est cruciale. Deuxièmement, des changements dans les méthodes de diagnostic du SRAS-CoV-2 ont entraîné des difficultés techniques pour obtenir suffisamment de matériel génétique de bonne qualité pour le séquençage. Troisièmement, la rapidité de l'échantillonnage au séquençage en passant par l'analyse est cruciale; pour un impact maximal, des données génomiques devraient être disponibles pour éclairer la prise de décision en temps réel. Enfin, un financement soutenu et une capacité en ressources humaines sont essentiels pour une prestation de services cohérente. Néanmoins, nous avons montré que l'introduction du séquençage génomique rapide et de l'analyse des données dans les enquêtes sur les éclosions dans les hôpitaux est à la fois faisable et bénéfique; le défi consiste à traduire cela d'une intervention d'urgence en pratique clinique de routine.
Tous les autres auteurs ne déclarent aucun intérêt concurrent.
Matériel complémentaire
Les références
- 1.
- Meredith LW
- Hamilton WL
- Warne B
- et coll
Mise en œuvre rapide du séquençage du SRAS-CoV-2 pour enquêter sur les cas de COVID-19 associés aux soins de santé : une étude prospective de surveillance génomique.
Lancet Infect Dis. 2020; 20 : 1263-1271
- 2.
- Rivett L
- Sridhar S
- Sparkes D
- et coll
Le dépistage des agents de santé pour le SRAS-CoV-2 met en évidence le rôle du portage asymptomatique dans la transmission du COVID-19.
elife. 2020; 9 : 1-20
- 3.
- Rambaut A
- Holmes CE
- O'Toole Á
- et coll
Une proposition de nomenclature dynamique pour les lignées SRAS-CoV-2 pour aider l'épidémiologie génomique.
Nat Microbiol. 2020; 5 : 1403-1407
- 4.
- Jones NK
- Rivett L
- Matelot S
- et coll
Le vaccin BNT162b2 à dose unique protège contre l'infection asymptomatique par le SRAS-CoV-2.
eLife. 2021; ()
Informations sur l'article
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DOI : https://doi.org/10.1016/S1473-3099(21)00251-6
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