Des vaches se reposent près d'une grotte dans le Yunnan, en Chine, où des chauves-souris en fer à cheval ont été trouvées porteuses d'un virus qui ressemble beaucoup au SAR-CoV-2. Une nouvelle analyse révèle que l'expansion de la production animale concentrée en Chine peut créer des conditions favorables pour que les coronavirus passent des chauves-souris en fer à cheval aux animaux domestiques avant d'infecter les humains.

Les changements mondiaux d'utilisation des terres – y compris la fragmentation des forêts, l'expansion agricole et la production animale concentrée – créent des « points chauds » favorables aux chauves-souris porteuses de coronavirus et où les conditions sont réunies pour que les maladies passent des chauves-souris aux humains, selon une analyse publiée cette semaine par des chercheurs de l'Université de Californie à Berkeley, du Politecnico di Milano (Université polytechnique de Milan) et de l'Université Massey de Nouvelle-Zélande.

Une analyse révèle des « points chauds » mondiaux où de nouveaux coronavirus peuvent émerger

Bien que les origines exactes du virus du SRAS-CoV-2 restent floues, les scientifiques pensent que la maladie est probablement apparue lorsqu'un virus qui infecte les chauves-souris en fer à cheval a pu passer à l'homme, soit directement par contact entre la faune et l'homme, soit indirectement par le premier infectant un hôte animal intermédiaire, tel que le pangolin, parfois connu sous le nom de fourmilier écailleux. Les chauves-souris en fer à cheval sont connues pour transporter une variété de coronavirus, y compris des souches génétiquement similaires à celles qui causent le COVID-19 et le syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS).

La nouvelle étude a utilisé la télédétection pour analyser les modèles d'utilisation des terres dans l'aire de répartition du rhinolophe, qui s'étend de l'Europe occidentale à l'Asie du Sud-Est. En identifiant les zones de fragmentation forestière, d'établissement humain et de production agricole et animale, et en les comparant aux habitats connus des rhinolophes, ils ont identifié des points chauds potentiels où l'habitat est favorable à ces espèces de chauves-souris, et d'où ces virus dits zoonotiques pourraient potentiellement sauter de chauves-souris aux humains. L'analyse a également identifié des emplacements qui pourraient facilement devenir des points chauds avec des changements dans l'utilisation des terres.

"Les changements d'utilisation des terres peuvent avoir un impact important sur la santé humaine, à la fois parce que nous modifions l'environnement, mais aussi parce qu'ils peuvent augmenter notre exposition aux zoonoses", a déclaré le co-auteur de l'étude Paolo D'Odorico, professeur de sciences de l'environnement, politique et gestion à UC Berkeley. « Chaque changement formel d'utilisation des terres doit être évalué non seulement pour les impacts environnementaux et sociaux sur les ressources telles que les stocks de carbone, le microclimat et la disponibilité de l'eau, mais aussi pour les réactions en chaîne potentielles qui pourraient avoir un impact sur la santé humaine. »

La plupart des points chauds actuels sont regroupés en Chine, où une demande croissante de produits carnés a entraîné l'expansion de l'élevage industriel à grande échelle. La production animale concentrée est particulièrement préoccupante car la pratique rassemble de grandes populations d'animaux génétiquement similaires, souvent immunodéprimés, qui sont très vulnérables aux épidémies, ont déclaré les chercheurs.

L'analyse a également révélé que certaines parties du Japon, du nord des Philippines et de la Chine au sud de Shanghai risquent de devenir des points chauds avec une fragmentation accrue des forêts, tandis que des parties de l'Indochine et de la Thaïlande pourraient devenir des points chauds avec une augmentation de la production animale.

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« Les analyses visaient à identifier l'émergence possible de nouveaux points chauds en réponse à une augmentation de l'un des trois attributs d'utilisation des terres, en mettant en évidence à la fois les zones qui pourraient devenir propices aux retombées et le type de changement d'utilisation des terres qui pourrait induire l'activation des points chauds, », a déclaré la co-auteure de l'étude Maria Cristina Rulli, professeure d'hydrologie et de sécurité hydrique et alimentaire au Politecnico di Milano en Italie. « Nous espérons que ces résultats pourraient être utiles pour identifier les interventions ciblées spécifiques à la région nécessaires pour augmenter la résilience aux retombées du coronavirus. »

L'empiètement humain dans l'habitat naturel peut également augmenter indirectement l'exposition aux maladies zoonotiques en réduisant la précieuse biodiversité. Lorsque les terres forestières se fragmentent et que les habitats naturels sont détruits, les espèces qui ont besoin d'un habitat très spécifique pour survivre, appelées « spécialistes », peuvent diminuer ou même disparaître. Sans concurrence des spécialistes, les espèces « généralistes », moins pointilleuses sur leur habitat, peuvent prendre le relais.

Les rhinolophes sont une espèce généraliste et ont souvent été observés dans des zones caractérisées par des perturbations humaines. Des travaux antérieurs de Rulli, D'Odorico et du co-auteur de l'étude David Hayman ont également lié la fragmentation des forêts et la destruction de l'habitat en Afrique aux épidémies du virus Ebola.

"En créant des conditions défavorables aux espèces spécialisées, les espèces généralistes peuvent prospérer", a déclaré D'Odorico. «Bien que nous ne soyons pas en mesure de retracer directement la transmission du SRAS-CoV-2 de la faune à l'homme, nous savons que le type de changement d'utilisation des terres qui fait entrer les humains dans l'image est généralement associé à la présence de ces chauves-souris qui sont connues pour porte le virus. »

Alors que la Chine a été un chef de file dans la plantation d'arbres et d'autres efforts d'écologisation au cours des deux dernières décennies, de nombreux arbres ont été plantés dans des zones terrestres discontinues ou des fragments de forêt. Pour faire pencher l'équilibre écologique en faveur des espèces spécialisées, la création de zones continues de couverture forestière et de corridors fauniques est plus importante que l'augmentation de la couverture arborée totale.

"La santé humaine est étroitement liée à la santé environnementale et à la santé animale », a déclaré D’Odorico. "Notre étude est l'une des premières à relier les points et à vraiment explorer les données géographiques sur l'utilisation des terres pour voir comment les humains entrent en contact avec des espèces qui pourraient être porteuses."

Les co-auteurs de l'article incluent également Nikolas Galli du Politecnico di Milano et David Hayman de l'Université Massey

Cette recherche a été soutenue par la Fondation Eni Enrico Mattei (FEEM), la Fondation Cariplo (projet SusFeed 0737 CUP D49H170000300007), la Région Lombardie (projet RUD0CONV01/ASSO D44I20002000002), une Royal Society Te Apārangi Rutherford Discovery Fellowship RDF-MAU1701 MAU1701, et le Fondation de l'Université Massey.

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