L'accélération de l'épidémie de COVID-19 au Soudan

Mukhtar et Khogali discutent des nombreux défis auxquels le Soudan a été confronté pour faire face à la pandémie de COVID-19.

Le Soudan est un pays à faible revenu avec une population ethnique diversifiée. Il est bordé par sept pays, avec des mouvements importants à travers les frontières. Selon les données de l'ONU, la population soudanaise est de ∼44 millions de personnes. La majorité de la population est rurale, mais au cours des dernières décennies, il y a eu une migration massive vers les zones urbaines, entraînant la propagation de maladies infectieuses et endémiques, par exemple le paludisme, la tuberculose pulmonaire et la fièvre typhoïde, ainsi que des flambées récurrentes d'arbovirus. épuisant le système de santé faible.

Crédit: Images gracieuseté de Mustafa Khogali (à gauche) et Maowia M. Mukhtar (à droite)

Le Soudan n'était pas prêt à gérer et à contrôler la pandémie émergente de COVID-19. Le diagnostic du COVID-19 était lent et reposait sur des tomodensitogrammes et une PCR avec transcription inverse (RT-PCR). Les tests RT-PCR ont été initialement centralisés dans le laboratoire national de santé, ce qui a ralenti le diagnostic et l'identification des personnes séropositives, ce qui a limité la recherche des contacts. Il a fallu plus de 6 mois aux autorités sanitaires pour décentraliser le diagnostic et le dépistage des individus. Plusieurs laboratoires de santé publics et privés ont ensuite été autorisés à effectuer des tests de diagnostic RT-PCR. Cependant, l'accès à ces tests privés était et reste inabordable pour la plupart de la population.

Le premier cas de COVID-19 a été diagnostiqué le 12 mars 2020, chez un homme soudanais de 50 ans arrivé par avion depuis les Émirats arabes unis. Il a développé des symptômes respiratoires, a été admis à l'hôpital et est décédé 3 jours plus tard avec un test COVID-19 RT-PCR positif. Cela a sonné l'alarme pour l'arrivée du SRAS-CoV-2 au Soudan.

Les données sur la transmission communautaire du COVID-19 étaient limitées en raison de la sérologie à petite échelle et des enquêtes moléculaires menées dans l'État de Khartoum. La première transmission communautaire a eu lieu les 28 et 29 mars 2020. En conséquence, les autorités sanitaires ont recommandé l'utilisation de masques faciaux et la distanciation sociale, bien que ceux-ci ne soient pas soutenus par la législation gouvernementale. L'État de Khartoum (KS), y compris la capitale, compte 8 millions d'habitants (19% de la population totale). Le KS est l'épicentre de l'épidémie depuis son apparition, abritant toujours plus de 70% de tous les cas de COVID-19. Au 1er avril 2021, 30 404 cas au total ont été signalés au Soudan, dont 21 728 (72%) dans le KS. Cela représente un taux d'incidence pour 100 000 sur 259 dans le SK par rapport à une fourchette du taux d'incidence pour 100 000 de 1 à 70 dans les 17 autres États. Ce chiffre est probablement dû à l'importante population et au comportement social des personnes vivant dans le SK ainsi qu'à l'inégalité d'accès au test de diagnostic dans d'autres États.

Le 16 mars 2020, les autorités sanitaires ont fermé l'aéroport et les autres points d'entrée. Cependant, deux vols ont été autorisés à atterrir à l'aéroport de Khartoum les 26 et 28, renvoyant les citoyens soudanais bloqués à l'étranger et évacuant les expatriés du Soudan. Les voyageurs du deuxième vol n'ont pas été testés et isolés efficacement, ce qui a augmenté le risque d'importer le virus dans le pays. Un couvre-feu a été instauré le 16 mars. Suite à une recrudescence des infections au COVID-19, un verrouillage complet a été imposé pendant la période du 24 avril au 8 juillet 2020.

La communauté a résisté au verrouillage en raison des difficultés économiques accrues pour les familles. De plus, la décision de verrouiller n'était pas fondée sur des données suffisantes sur l'étendue de la transmission communautaire et les zones nécessitant un verrouillage n'étaient pas définies avec précision. Les bureaux du gouvernement ont été fermés, à l'exception des services essentiels, tels que les banques et les services de santé d'urgence. Cependant, le verrouillage n'a pas été effectivement mis en œuvre en raison du manque d'application de la loi appropriée.

Un système de traçage efficace n'a pas encore été mis en place. La recherche était basée sur des données volontaires fournies par le patient et / ou par la recherche de contacts à l'aide d'appels téléphoniques et de visites à domicile. L'inefficacité du traçage a ralenti l'identification précoce et l'isolement des individus infectés et a contribué à l'apparition de la deuxième vague pendant la période de novembre 2020 à janvier 2021. La deuxième vague était beaucoup plus grave, pour des raisons qui ne sont actuellement pas claires. Le séquençage du génome du virus est actuellement en cours et pourrait apporter un éclairage sur l'épidémiologie, la physiopathologie et la prévalence des variants de virus. La deuxième vague a touché tous les groupes d'âge avec des taux de mortalité élevés, atteignant 20% parmi les patients de l'unité de soins intensifs. À ce jour, plus de 30 000 patients atteints de COVID-19 ont été diagnostiqués, avec un taux global de létalité de 6,9%.

La pandémie a eu un impact sur les services de santé. La plupart des cliniques publiques et privées ont été fermées en raison des taux élevés d'infection et de mortalité parmi les prestataires de soins de santé. Les patients atteints de maladies chroniques et ceux qui nécessitaient des interventions médicales d'urgence étaient manifestement touchés. Les centres d'isolement COVID-19 et les services de soins intensifs ont été débordés en raison du manque de lits et de ventilateurs suffisants. Alors que l’Organisation mondiale de la santé a publié des directives de traitement, adoptées par le Ministère de la santé, le manque de sensibilisation et de confiance du public a conduit de nombreux patients à utiliser des plantes médicinales locales traditionnelles.

Le Soudan a reçu le vaccin Oxford-AstraZeneca début mars 2021 dans le cadre du programme COVAX et a commencé la campagne de vaccination le 9 mars. Les groupes cibles prioritaires pour la vaccination sont les agents de santé à tous les niveaux du service de santé, les personnes âgées de 60 ans et plus et les patients atteints de comorbidités âgés de 45 ans et plus. À l'heure actuelle, il n'y a pas de calendrier pour l'élargissement de l'admissibilité aux vaccins aux moins de 60 ans. Pour faciliter cela, un approvisionnement accru en vaccins est désespérément nécessaire. Le moment de la deuxième dose dépendra de la disponibilité du vaccin comme prévu par COVAX / AstraZeneca.

Le Soudan a été confronté à de nombreux défis dans la gestion de la pandémie en raison du manque de diagnostic précis et rapide, de dépistage pour identifier et isoler les personnes infectées, d'un système de traçage approprié et de données sur la transmission communautaire et l'approvisionnement en vaccins. Nous espérons surmonter ces défis lors de la troisième vague, qui a débuté en mars 2021 et est actuellement en cours. Si rien ne change, le Soudan, comme de nombreux autres pays, pourrait être gravement paralysé par la pandémie.

Informations sur l'auteur

Notes de l'auteur

1. Ces auteurs ont contribué à parts égales: Maowia M. Mukhtar et Mustafa Khogali.

Affiliations

1. Institut des maladies endémiques, Université de Khartoum, Khartoum, Soudan

   Maowia M. Mukhtar

2. Projet TIBA-Soudan, Institut de recherche en biosciences, Université Ibn Sina, Khartoum, Soudan

   Maowia M. Mukhtar

3. École de médecine, Université Ahfad pour les femmes, Omdurman, Soudan
   

   Mustafa Khogali

auteur correspondant

Correspondance à

Maowia M. Mukhtar.

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Mukhtar, M.M. Khogali, M. L'accélération de l'épidémie de COVID-19 au Soudan.

Nat Immunol (2021). https://doi.org/10.1038/s41590-021-00950-0

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