Une couronne de protéines en forme de pointe rend les coronavirus reconnaissables lorsqu'ils sont observés au microscope. Mais l'analyse génétique moderne offre un autre moyen de trouver des preuves de coronavirus : détecter les marques que le virus laisse dans les populations qu'il infecte.

Dans une étude publiée le 24 juin dans la revue Current Biology, des chercheurs ont analysé l'ADN de milliers de personnes du monde entier de 26 populations pour rechercher des signes d'anciennes épidémies de coronavirus. Les chercheurs ont découvert que les personnes vivant en Chine, au Japon et au Vietnam ont été confrontées à un coronavirus pendant environ 20 000 ans dans une épidémie qui s'est terminée il y a 5 000 ans, rapportent Gemma Conroy et Anna Salleh pour ABC Science.

Il y a plus de 20 000 ans, une épidémie de coronavirus a laissé des traces dans l'ADN humain Nouvelles intelligentes

"Il y a toujours eu des virus infectant les populations humaines", a déclaré le biologiste évolutionniste de l'Université d'Arizona, David Enard, qui a dirigé l'étude, à Yasemin Saplakoglu de Live Science en avril, lorsque l'étude a été publiée pour la première fois en tant que prépublication. "Les virus sont vraiment l'un des principaux moteurs de la sélection naturelle dans les génomes humains."

Lorsque les coronavirus infectent les humains, ils s'appuient sur la machinerie microscopique fabriquée par les gènes humains pour fabriquer plus de particules virales. L'équipe de recherche s'est donc concentrée sur quelques centaines de gènes humains qui interagissent avec les coronavirus - mais pas avec d'autres microbes - lors d'une infection, rapporte Carl Zimmer pour le New York Times.

Dans cinq groupes de personnes, 42 de ces gènes présentaient suffisamment de mutations pour suggérer qu'ils avaient évolué à cause d'une épidémie. Les gènes sont peut-être devenus meilleurs pour lutter contre l'infection virale, ou moins hospitaliers pour que le virus utilise pour se copier. Les personnes atteintes de ces mutations auraient eu plus de chances de survivre à une épidémie de la maladie et, plus tard, d'avoir des enfants avec les mêmes mutations génétiques.

"Donc, ce qui se passe sur plusieurs générations, c'est que les variantes génétiques qui sont bénéfiques augmenteront en fréquence", explique Yassine Souilmi, spécialiste en bioinformatique de l'Université d'Adélaïd, co-auteur de l'étude, à ABC Science. "Et cela laisse une marque très distinctive plusieurs générations plus tard.

Il faut au moins 500 à 1 000 ans pour que cette marque devienne un trait commun perceptible d'une population, selon ABC Science. Mais il y a des milliers d'années, les gens n'avaient que des comportements d'évitement des infections et leurs gènes pour les protéger.

Pour déterminer depuis combien de temps le trait est apparu, les chercheurs ont recherché des mutations aléatoires dans les 42 gènes qu'ils ont identifiés. Plus le trait existe depuis longtemps, plus les mutations aléatoires se produisent. Parce que les 42 gènes avaient tendance à avoir le même nombre de mutations, ils sont probablement devenus communs dans la population en même temps.

"C'est un signal auquel nous ne devons absolument pas nous attendre par hasard", déclare Enard au New York Times. Ainsi, les chercheurs estiment que les traits de lutte contre les coronavirus sont devenus courants entre 20 000 et 25 000 ans.

« Les virus exercent certaines des pressions sélectives les plus fortes sur les humains pour qu'ils s'adaptent, et les coronavirus existent vraisemblablement depuis longtemps avant que les humains n'existent », déclare Joel Wertheim, biologiste des systèmes de l'Université de Californie à San Diego, qui n'a pas participé à l'étude, pour Sciences en direct. "Donc, bien qu'il ne soit pas inattendu que les coronavirus aient entraîné l'adaptation chez l'homme, cette étude présente une enquête fascinante sur comment et quand cela s'est produit."

Les interventions médicales modernes, comme les vaccins, signifient que la pandémie actuelle de coronavirus est peu susceptible de laisser une marque durable sur le génome humain. Et aujourd'hui, les facteurs sociaux ont un impact plus important sur le risque d'une personne d'être infecté par un coronavirus que les facteurs génétiques.

"Des choses comme le travail d'une personne, les problèmes de santé existants et les désavantages socio-économiques sont plus susceptibles d'avoir un effet sur le risque de maladie d'un individu", explique Vicki Jackson, généticienne statistique au Walter and Eliza Hall Institute of Medical Research qui n'était pas impliqués dans l'étude, à ABC Science.

Cependant, Jackson ajoute que les résultats peuvent éclairer la recherche sur les traitements pour Covid-19 et d'autres maladies à coronavirus, car les 42 gènes protégeaient autrefois les gens des coronavirus.

Souilmi a déclaré au New York Times : « Cela nous indique en fait des boutons moléculaires pour ajuster la réponse immunitaire au virus. »